Hi John,<br><br>Thanks for your inquiry. I am replying to the OME users list since it is generally the best place to ask questions and receive support.<br><br>WND-CHARM currently exists in two forms: 1) a MATLAB-driven version integrated with the OME Perl server, and 2) a more recent pure C/C++ version. There is currently no capability for the OMERO platform to interact with WND-CHARM, though we plan to explore such a linkage in a future release. There has also been discussion of potentially integrating WND-CHARM with CellProfiler.<br>

<br>You can find the WND-CHARM documentation on the OME site, but
unfortunately it focuses on the older MATLAB-based version, and does not provide standalone download links (the MATLAB version is bundled with the OME Perl server download):<br>
<a href="http://www.openmicroscopy.org/site/documents/data-management/ome-server/using-ome-server/automated-image-classification" target="_blank">http://www.openmicroscopy.org/site/documents/data-management/ome-server/using-ome-server/automated-image-classification</a><br>


<br>Personally I would advise against using the MATLAB+OME version of WND-CHARM, because we can offer only limited support for the OME Perl server, as our efforts are now focused on the OMERO platform.<br><br>Unfortunately, I do not have a download link for the C/C++ version -- I'm not sure whether it has been made publicly available yet. Ilya Goldberg's group at NIA developed WND-CHARM, so hopefully someone there can comment further on the status of WND-CHARM, its availability for download, and its future directions.<br>

<br>-Curtis<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Feb 26, 2009 at 2:18 PM, John McLaughlin <span dir="ltr"><<a href="mailto:jmclaughlin@rigel.com" target="_blank">jmclaughlin@rigel.com</a>></span> wrote:<br><blockquote type="cite">



<div>Hi,
I am trying to install the OME platform so that I can try out the
wnd-charm analysis tool. I've made extended failed attempts with both
the omero platform and a linux version. I'd like to get some help or
suggestions. Who is the best person to contact? For a bit of background
I appear to be having trouble in the final steps due to problems that
appear to be related to ome interacting with postgres. I suspect I need
to line up my versions of ome, postgres, matlab etc. to get this
example working (if it can work of course). I've been through the OME
website looking for help and documentation regarding what versions of
everything to use, but find the information to be a bit vague and
scattered about. For example after I got ome working I realized I had
to use the cvs ome version to get wnd-charm working. After starting
over I ran into permission issues with postgres trying to run 'pollen'
example. I tried a new version of postgresql (8.3.6-1-linux) then ran
into more password issues during final steps of the install.pl script.
Hard-coding in user names and passwords to the Delegate.pm script
cleared up some problems, but others appeared later and it seemed like
a good time to stop and ask for help. Thanks for your help and time,
John McLaughlin Rigel Pharmaceuticals, Inc South San Francisco, CA 94080<br></div></blockquote></div><br>