Hi Melissa,<br>Thanks for your input. I'm using the matlab version of bio-formats and I tried running a matlab version of the code you posted below. However, the results are still the same: the retrieve structure basically has no data in it. Here is what I ran:<br>
<br>javaaddpath('loci_tools.jar');<br>store = loci.formats.MetadataTools.createOMEXMLMetadata();<br>reader = loci.formats.ImageReader();<br>reader.setMetadataStore(store);<br><br>reader.setId(zvi_file);<br><br>retrieve = reader.getMetadataStore();<br>
<br>creationDate = retrieve.getImageCreationDate(0);<br> <br>for plane = 0:reader.getImageCount()<br>    timestamp = retrieve.getPlaneTimingDeltaT(0,0,plane)<br>end<br><br>When I run a get(retrieve), all the fields in the structure are either 0 or empty. I made sure I was running the latest daily build of bio-formats and I double checked to make sure the zvi file had time stamps, but I am still getting nothing. Am I doing something wrong?<br>
<br>Thanks,<br>-James<br><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, May 26, 2008 at 12:33 PM, Melissa Linkert <<a href="mailto:linkert@wisc.edu">linkert@wisc.edu</a>> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi James,<div><br></div><div>The latest daily build of Bio-Formats (available at <a href="http://loci.wisc.edu/ome/formats.html" target="_blank">http://loci.wisc.edu/ome/formats.html</a>) should fix this problem.  If timestamps are present in the file, they will be in the hashtable under the key "Timestamp <n>", where <n> is the timepoint number indexed from 0.  Note that this will only work for ZVI files - other formats store their timestamps using different keys.</div>



<div><br></div><div>I don't how you are using Bio-Formats; if you are using it as a library within your own application, then you should consider using the MetadataStore API to retrieve timestamps.  Following is some example code:</div>



<div><br></div><div>MetadataStore store = MetadataTools.createOMEXMLMetadata();</div><div>ImageReader reader = new ImageReader();</div><div>reader.setMetadataStore(store);</div><div><br>
</div><div>reader.setId("/path/to/file");</div><div>MetadataRetrieve retrieve = (MetadataRetrieve) reader.getMetadataStore();</div><div><br></div><div> // get the time when acquisition began, in "yyyy-MM-dd'T'HH:mm:ss" format<br>



</div><div>String creationDate = retrieve.getImageCreationDate(0);</div><div> </div><div>for (int plane=0; plane<reader.getImageCount(); plane++) {</div><div>  // get the timestamp for this plane</div><div>  // this is the time in milliseconds since acquisition began</div>



<div>  Float timestamp = retrieve.getPlaneTimingDeltaT(0, 0, plane);</div><div>}</div><div><br></div><div>Please let us know if you have any other questions, or if the latest daily build does not work for you.</div><div>

<br>
</div><div>Regards,</div><div>-Melissa<br><br><div class="gmail_quote"><div><div></div><div class="Wj3C7c">On Thu, May 22, 2008 at 12:22 PM, James Chen <<a href="mailto:james.chenn@gmail.com" target="_blank">james.chenn@gmail.com</a>> wrote:<br>

</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><div></div><div class="Wj3C7c">Hello everyone,<br>I'm having trouble pulling out time stamp information from a time lapsed series in the ZVI file from bio-formats. I've gone over the entire metadata hashtable but can't seem to find any link to it. Does anyone have any suggestions?<br>




<br>Thanks,<br><font color="#888888">-James<br>
</font><br></div></div>_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br>