Hi Shalin,<br><br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Have
LSM (Zeiss LSM 510 ones) been supported by OMERO? I have installed
ver.3-beta2.3 and when I imported a lambda-stack, the importer didn't
recongnize pixel sizes. <br></blockquote></div><br>Yes, Zeiss LSM has been supported in OMERO since at least Beta 2.1. A complete list of formats supported by OMERO can be found here:<br><a href="http://trac.openmicroscopy.org.uk/omero/wiki/ImporterFormats">http://trac.openmicroscopy.org.uk/omero/wiki/ImporterFormats</a><br>
<br>OMERO relies on Bio-Formats to parse the files, so if the pixel sizes were missing or wrong, it is probably a bug in Bio-Formats. You can find out by open your file in ImageJ with the Bio-Formats Importer plugin (see <<a href="http://www.loci.wisc.edu/ome/formats.html">http://www.loci.wisc.edu/ome/formats.html</a>>, choosing Image > Properties from the menu, and looking to see what the Pixel Width, Pixel Height and Voxel Depth values are. If they are 0.0, blank or NaN, then they were not parsed.<br>
<br>If you find that there is a bug with Bio-Formats reading your LSM metadata, and you can send me a sample dataset demonstrating the issue, we will investigate the problem. I can send you FTP information offline if you need a place to upload files. To be clear, fixing the bug in Bio-Formats will fix the problem for a future release of OMERO, as well.<br>
<br>-Curtis<br><br><div class="gmail_quote">On Jan 28, 2008 9:47 AM, Shalin Mehta <<a href="mailto:shalin.mehta@gmail.com">shalin.mehta@gmail.com</a>> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Dear all,<br><br> Have LSM (Zeiss LSM 510 ones) been supported by OMERO? I have installed ver.3-beta2.3 and when I imported a lambda-stack, the importer didn't recongnize pixel sizes. <br><br>Cheers<br>Shalin<br clear="all">

<br>-- <br>~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~<br>Shalin Mehta<br>mobile: +65-90694182<br>blog: <a href="http://shalin.wordpress.com" target="_blank">shalin.wordpress.com</a><br>~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~<br>Bioimaging Lab, Block-E3A, #7-10                 <br>

Div of Bioengineering, NUS Singapore 117574   <br>website: <a href="http://www.bioeng.nus.edu.sg/optbioimaging/colin/index.html" target="_blank">http://www.bioeng.nus.edu.sg/optbioimaging/colin/index.html</a><br><br>Liver Cancer Functional Genomics Lab, #6-05<br>

National Cancer Centre, Singapore 169610<br>~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~<br>What is light?<br>''Light behaves like Voltaire, the French genius, 250 years ago. He was born as a conservative Catholic, he lived as a liberal Protestant, and he returned to Catholicism when he faced the end of his life.   Light is born as photons. It travels through space as a wave, and it dies finally as a photon.''  - Einstein as quoted in Lohmann's paper (JOSA-A, Vol. 17, No.10, pp.1755-1762) 
<br>_______________________________________________<br>ome-users mailing list<br><a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br><a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
<br></blockquote></div><br>