Hi Mario,<br><br>The "premature end of file" error was a bug in Bio-Formats, which is fixed in today's release. I did some tests, and I'm guessing the color inversion is a bug in the OME Perl OME-XML importer module (OME::ImportEngine::XMLreader). I tried importing your file with the XMLreader module set before Bio-Formats, and saw the color inversion. Then I tried reimporting with the XMLreader module removed, so that it would use Bio-Formats instead, and the colors look correct.<br>
<br>So one workaround to the problem is to use Bio-Formats instead of OME::ImportEngine::XMLreader for OME-XML files. However, please note that this method is less thoroughly tested. I noticed some differences between the imports, such as loss of group and ownership information with the BF import, that we will need to address in a future release.<br>
<br>-Curtis<br><br><div class="gmail_quote">On Jan 31, 2008 4:19 PM, Curtis Rueden <<a href="mailto:ctrueden@wisc.edu" target="_blank">ctrueden@wisc.edu</a>> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Hi Mario,<br><br>The exported .ome file is not inverted when read with Bio-Formats (showinf). However, there is a strange "premature end of file" error. This message is probably coming from the library responsible for zlib decompression and/or base64 decoding. It may be a bug in Bio-Formats, or it may be that the exported content really is truncated. Either way, there is a bug somewhere. We'll analyze your exported file further and I'll reply again when I know more.<br>

<font color="#888888">
<br>-Curtis</font><div><div></div><div><br><br><div class="gmail_quote">On Jan 31, 2008 10:39 AM, Mario Valle <<a href="mailto:mvalle@cscs.ch" target="_blank">mvalle@cscs.ch</a>> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">


I have exported an image from our Linux installation of OME 2.6.1 as OME-XML then imported<br>it on the Mac installation.<br>The import was ok, but the loaded image is the negative of the original image.<br>The original image and the exported one are on <a href="http://ftp.cscs.ch/out/mvalle" target="_blank">ftp.cscs.ch/out/mvalle</a><br>


and are called:<br>-rw-r--r--  1 mvalle csvis  8755901 2008-01-31 17:32 Hoechst_ND - n000000.ome<br>-rw-r--r--  1 mvalle csvis 11026676 2008-01-31 17:31 Hoechst_ND - n000000.tif<br>What happens?<br>Thanks for the help!<br>


                        mario<br><br>--<br>Ing. Mario Valle<br>Visualization Group                              | <a href="http://www.cscs.ch/%7Emvalle" target="_blank">http://www.cscs.ch/~mvalle</a><br>Swiss National Supercomputing Centre (CSCS)      | Tel:  +41 (91) 610.82.60<br>


v. Cantonale Galleria 2, 6928 Manno, Switzerland | Fax:  +41 (91) 610.82.82<br>_______________________________________________<br>ome-users mailing list<br><a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>


<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br></blockquote></div><br>
</div></div></blockquote></div><br>