Hi Mario,<br><br>The behavior you describe is both an incomplete implementation within Bio-Formats, and a limitation of the OME data model itself. The Bio-Formats metadata conversion to the OME data model is a work in progress, and we do not yet convert the Objective information from Leica LIF files.<br>
<br>In addition, the OME data model often requires certain metadata fields to be populated -- in the case of Objective, it requires Model, Manufacturer, Correction, Immersion, LensNA, NominalMagnification, CalibratedMagnification, and WorkingDistance. However, no third party format actually stores all of that information, which means that it is currently impossible for Bio-Formats to fully convert objective-related information into an OME-compliant document. A solution to this problem is under discussion, and we hope to have a solution by the end of March.<br>
<br>In the meantime, Bio-Formats does preserve all the metadata in its original form when importing to an OME database. You can see it by clicking on the "Image import" module execution link from the image detail page, scrolling down and looking at the "OriginalMetadata" entries. Please let me know if this does not work.<br>
<br>-Curtis<br><br><div class="gmail_quote">On Jan 31, 2008 8:10 AM, Mario Valle <<a href="mailto:mvalle@cscs.ch">mvalle@cscs.ch</a>> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
If I understand correctly, the metadata are loaded from an imported image into OME.<br><br>Take for example the 2007-11-12_L15_AF001.lif Leica image you find under<br><a href="http://ftp.cscs.ch/out/mvalle/" target="_blank">ftp.cscs.ch/out/mvalle/</a><br>
<br>For example the loci tool shoinf extracts from this image the following data about the<br>instrument:<br><br>AF_405ex_001 - DMI6000 Turret - Dummy Name (Obj.) - DUMMYNAME: Dummy5<br>AF_405ex_001 - DMI6000 Turret - Numerical aperture (Obj.) - NumericalAperture: 1.4<br>
AF_405ex_001 - DMI6000 Turret - Objective - Objective: HCX PL APO lambda blue  63.0x1.40<br>OIL  UV<br>AF_405ex_001 - DMI6000 Turret - Order number (Obj.) - OrderNumber: 11506192<br>AF_405ex_001 - DMI6000 Turret - Refraction index - RefractionIndex: 1.518<br>
<br>But inside OME we were not able to find those values anywhere.<br>Also executing a: select * from objectives;<br>from inside the database reveals no metadata about objectives has been loaded from all our<br>tests.<br>
<br>Is this a bug or a limitation of OME?<br>Thanks for clarifying!<br>                                mario<br><br><br>--<br>Ing. Mario Valle<br>Visualization Group                              | <a href="http://www.cscs.ch/%7Emvalle" target="_blank">http://www.cscs.ch/~mvalle</a><br>
Swiss National Supercomputing Centre (CSCS)      | Tel:  +41 (91) 610.82.60<br>v. Cantonale Galleria 2, 6928 Manno, Switzerland | Fax:  +41 (91) 610.82.82<br>_______________________________________________<br>ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br><a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
</blockquote></div><br>