<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;">When I try to run the script "perl dgas-templates.pl" after creating a user name I get this error:<br><br>--------------------------------------------------<br>Can't locate loadable object for module OME::Image::Pix in @INC (@INC contains: /n/site/inst/Linux-i686/bioinfo/seals/lib/perl /n/site/inst/shared/sys/lib/perl5/5.8.8/i686-linux-thread-multi-ld /n/site/inst/shared/sys/lib/perl5/5.8.8 /n/site/inst/shared/sys/lib/perl5/site_perl/5.8.8/i686-linux-thread-multi-ld /n/site/inst/shared/sys/lib/perl5/site_perl/5.8.8 /n/site/inst/shared/sys/lib/perl5/site_perl/5.8.6 /n/site/inst/shared/sys/lib/perl5/site_perl .) at /n/site/inst/shared/sys/lib/perl5/site_perl/5.8.6/OME/Image/LocalPixels.pm line 50<br>Compilation failed
 in require at /n/site/inst/shared/sys/lib/perl5/site_perl/5.8.6/OME/Image/LocalPixels.pm line 50.<br>BEGIN failed--compilation aborted at /n/site/inst/shared/sys/lib/perl5/site_perl/5.8.6/OME/Image/LocalPixels.pm line 50.<br>Compilation failed in require at /n/site/inst/shared/sys/lib/perl5/site_perl/5.8.6/OME/Tasks/PixelsManager.pm line 56.<br>BEGIN failed--compilation aborted at /n/site/inst/shared/sys/lib/perl5/site_perl/5.8.6/OME/Tasks/PixelsManager.pm line 56.<br>Compilation failed in require at /n/site/inst/shared/sys/lib/perl5/site_perl/5.8.6/OME/Tasks/ImageTasks.pm line 45.<br>BEGIN failed--compilation aborted at /n/site/inst/shared/sys/lib/perl5/site_perl/5.8.6/OME/Tasks/ImageTasks.pm line 45.<br>Compilation failed in require at dgas-templates.pl line 9.<br>BEGIN failed--compilation aborted at dgas-templates.pl line 9.<br>----------------------------------------------------<br><br>Can somebody help me out here ?  Our OME is running in
 CentOS release 5.<br><br>Thanks.<br>Kasthuri<br><br><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;">----- Original Message ----<br>From: Ilya Goldberg <igg@nih.gov><br>To: Kasthuri Srinivasan Kannan <kasthurisrinivasan@yahoo.com><br>Cc: ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk<br>Sent: Friday, January 25, 2008 4:00:07 PM<br>Subject: Re: [ome-users] NIA Image Tables and Images.<br><br>
<br>On 
Jan 
25, 
2008, 
at 
4:47 
PM, 
Kasthuri 
Srinivasan 
Kannan 
wrote:<br><br>> 
Thanks. 
One 
more 
question, 
sorry 
two 
more...<br>><br>> 
1. 
In 
the 
README 
file 
it 
says 
"visit 
<a href="http://localhost/perl2/" target="_blank">http://localhost/perl2/</a> <br>> 
<a target="_blank" href="http://serve.pl">serve.pl</a>?Page=OME::Web::TableBrowse&Template=GeneManipulationTable"  <br>> 
and 
try 
playing 
with 
stuffs. 

tried 
getting 
into 
this 
server 
(with  <br>> 
our 
local 
host 
name 
and 
even 
with 
the 
given 
name 
"localhost") 
and  <br>> 
its 
not  
getting 
through. 
Do 

need 
to 
do 
anything 

FYI, 

did 
add  <br>> 
the 
'thomasmp' 
user 
and 
installed 
the 
templates 
and 
the 
semantic  <br>> 
types.<br>><br>> 
2. 
Does 
"<a target="_blank" href="http://parseES-BankAnnotations.pl">parseES-BankAnnotations.pl</a>" 
should 
be  <br>> 
"<a target="_blank" href="http://parseDGASannotations.pl">parseDGASannotations.pl</a>" 
as 
well 
?<br><br>Yes, 
you 
are 
obviously 
correct.  

hide 
my 
face 
in 
shame...<br>Once 
your 
run 
the 
correct 
script, 
the 
images 
will 
be 
imported 
and  <br>annotated, 
and 
you 
should 
be 
able 
to 
see 
them.<br>Thanks 
for 
picking 
this 
out!<br>-Ilya<br><br><br>><br>> 
Thanks.<br>> 
Kasthuri<br>><br>> 
----- 
Original 
Message 
----<br>> 
From: 
Ilya 
Goldberg 
<<a ymailto="mailto:igg@nih.gov" href="mailto:igg@nih.gov">igg@nih.gov</a>><br>> 
To: 
Kasthuri 
Srinivasan 
Kannan 
<<a ymailto="mailto:kasthurisrinivasan@yahoo.com" href="mailto:kasthurisrinivasan@yahoo.com">kasthurisrinivasan@yahoo.com</a>><br>> 
Cc: 
<a ymailto="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>> 
Sent: 
Friday, 
January 
25, 
2008 
12:32:07 
PM<br>> 
Subject: 
Re: 
[ome-users] 
NIA 
Image 
Tables 
and 
Images.<br>><br>><br>> 
Always<br>> 
useful<br>> 
to<br>> 
have<br>> 
another<br>> 
pair<br>> 
of<br>> 
eyes<br>> 
looking<br>> 
over<br>> 
this<br>> 
stuff...<br>> 
The<br>> 
name<br>> 
of<br>> 
the<br>> 
file<br>> 
is<br>> 
DGAS_annotations.txt.<br>> 
I'll<br>> 
patch<br>> 
the<br>> 
README.<br>> 
Thanks,<br>> 
Ilya<br>><br>> 
On<br>> 
Jan<br>> 
24,<br>> 
2008,<br>> 
at<br>> 
5:48<br>> 
PM,<br>> 
Kasthuri<br>> 
Srinivasan<br>> 
Kannan<br>> 
wrote:<br>><br>>><br>> 
Hi<br>> 
Ilya:<br>>><br>>><br>> 
I<br>> 
sincerely<br>> 
thank<br>> 
you<br>> 
for<br>> 
the<br>> 
immediate<br>> 
response.<br>> 
I<br>> 
went<br>> 
through<br>>><br>> 
the<br>> 
'README'<br>> 
file<br>> 
that<br>> 
you<br>> 
had<br>> 
suggested<br>> 
and<br>> 
there<br>> 
it<br>> 
says<br>> 
I<br>> 
may<br>>><br>> 
need<br>> 
to<br>> 
modify<br>> 
"ES_Bank_images.txt"<br>> 
to<br>> 
have<br>> 
my<br>> 
username<br>> 
instead<br>> 
of<br>>><br>> 
'thomasmp'.<br>> 
I<br>> 
tried<br>> 
finding<br>> 
this<br>> 
file<br>> 
and<br>> 
I<br>> 
couldn't<br>> 
trace<br>> 
it.<br>> 
Can<br>>><br>> 
you<br>> 
tell<br>> 
me<br>> 
where<br>> 
to<br>> 
look<br>> 
for<br>> 
this<br>> 
?<br>> 
And<br>> 
by<br>> 
IDL,<br>> 
I<br>> 
meant<br>> 
the<br>> 
data<br>>><br>> 
visualization<br>> 
tool<br>> 
which<br>> 
can<br>> 
be<br>> 
found<br>> 
at:<br>> 
<a href="http://www.ittvis.com/idl/" target="_blank">http://www.ittvis.com/idl/</a><br>>><br>>><br>> 
Thanks.<br>>><br>> 
Kasthuri<br>> 
Kannan<br>>><br>>><br>> 
-----<br>> 
Original<br>> 
Message<br>> 
----<br>>><br>> 
From:<br>> 
Ilya<br>> 
Goldberg<br>> 
<<a ymailto="mailto:igg@nih.gov" href="mailto:igg@nih.gov">igg@nih.gov</a>><br>>><br>> 
To:<br>> 
Kasthuri<br>> 
Srinivasan<br>> 
Kannan<br>> 
<<a ymailto="mailto:kasthurisrinivasan@yahoo.com" href="mailto:kasthurisrinivasan@yahoo.com">kasthurisrinivasan@yahoo.com</a>><br>>><br>> 
Cc:<br>> 
<a ymailto="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>>><br>> 
Sent:<br>> 
Thursday,<br>> 
January<br>> 
24,<br>> 
2008<br>> 
4:19:00<br>> 
PM<br>>><br>> 
Subject:<br>> 
Re:<br>> 
[ome-users]<br>> 
NIA<br>> 
Image<br>> 
Tables<br>> 
and<br>> 
Images.<br>>><br>>><br>>><br>> 
Hi<br>>><br>> 
Kasthuri<br>>><br>> 
Harry<br>>><br>> 
Hochheiser<br>>><br>> 
and<br>>><br>> 
I<br>>><br>> 
are<br>>><br>> 
largely<br>>><br>> 
responsible<br>>><br>> 
for<br>>><br>> 
this<br>>><br>> 
example.<br>>><br>> 
The<br>>><br>> 
"How<br>>><br>> 
To"<br>>><br>> 
is<br>>><br>> 
a<br>>><br>> 
little<br>>><br>> 
bit<br>>><br>> 
out<br>>><br>> 
of<br>>><br>> 
date<br>>><br>> 
with<br>>><br>> 
regard<br>>><br>> 
to<br>>><br>> 
what<br>>><br>> 
was<br>>><br>> 
actually<br>>><br>> 
shipped<br>>><br>> 
in<br>>><br>> 
OME<br>>><br>> 
2.6.1<br>>><br>> 
A<br>>><br>> 
bunch<br>>><br>> 
of<br>>><br>> 
the<br>>><br>> 
nomenclature<br>>><br>> 
(and<br>>><br>> 
filenames<br>>><br>> 
-<br>>><br>> 
sorry!)<br>>><br>> 
changed<br>>><br>> 
since<br>>><br>> 
the<br>>><br>> 
How<br>>><br>> 
To<br>>><br>> 
was<br>>><br>> 
written.<br>>><br>> 
The<br>>><br>> 
good<br>>><br>> 
news<br>>><br>> 
is<br>>><br>> 
that<br>>><br>> 
the<br>>><br>> 
capabilities<br>>><br>> 
and<br>>><br>> 
flexibility<br>>><br>> 
in<br>>><br>> 
2.6.1<br>>><br>> 
is<br>>><br>> 
quite<br>>><br>> 
a<br>>><br>> 
bit<br>>><br>> 
more<br>>><br>> 
than<br>>><br>> 
what<br>>><br>> 
was<br>>><br>> 
described<br>>><br>> 
in<br>>><br>> 
the<br>>><br>> 
How<br>>><br>> 
To.<br>>><br>>><br>> 
I<br>>><br>> 
would<br>>><br>> 
recommend<br>>><br>> 
reading<br>>><br>> 
this<br>>><br>> 
file:<br>>><br>> 
OME/custom/DGAS-Annotations/README<br>>><br>> 
There<br>>><br>> 
are<br>>><br>> 
a<br>>><br>> 
handful<br>>><br>> 
of<br>>><br>> 
simple<br>>><br>> 
steps<br>>><br>> 
to<br>>><br>> 
take<br>>><br>> 
to<br>>><br>> 
import<br>>><br>> 
and<br>>><br>> 
annotate<br>>><br>> 
a<br>>><br>> 
set<br>>><br>> 
of<br>>><br>> 
images<br>>><br>> 
that<br>>><br>> 
come<br>>><br>> 
with<br>>><br>> 
the<br>>><br>> 
software<br>>><br>> 
distribution.<br>>><br>> 
The<br>>><br>> 
images<br>>><br>> 
are<br>>><br>> 
primarily<br>>><br>> 
annotated<br>>><br>> 
by<br>>><br>> 
manipulated<br>>><br>> 
gene<br>>><br>> 
(up<br>>><br>> 
or<br>>><br>> 
down-<br>>><br>> 
regulated),<br>>><br>> 
stain,<br>>><br>> 
antibody+gene,<br>>><br>> 
or<br>>><br>> 
in-situ-probe+gene.<br>>><br>> 
The<br>>><br>> 
gene<br>>><br>> 
annotations<br>>><br>> 
link<br>>><br>> 
out<br>>><br>> 
to<br>>><br>> 
entries<br>>><br>> 
in<br>>><br>> 
the<br>>><br>> 
NIA<br>>><br>> 
Mouse<br>>><br>> 
Gene<br>>><br>> 
Index.<br>>><br>> 
The<br>>><br>> 
images<br>>><br>> 
are<br>>><br>> 
screen-shots<br>>><br>> 
of<br>>><br>> 
text<br>>><br>> 
listing<br>>><br>> 
the<br>>><br>> 
annotations<br>>><br>> 
(just<br>>><br>> 
placeholders<br>>><br>> 
for<br>>><br>> 
real<br>>><br>> 
images).<br>>><br>>><br>> 
The<br>>><br>> 
viewer<br>>><br>> 
(which<br>>><br>> 
I<br>>><br>> 
think<br>>><br>> 
is<br>>><br>> 
the<br>>><br>> 
coolest<br>>><br>> 
part<br>>><br>> 
of<br>>><br>> 
all<br>>><br>> 
this)<br>>><br>> 
lets<br>>><br>> 
you<br>>><br>> 
compare<br>>><br>> 
groups<br>>><br>> 
of<br>>><br>> 
images<br>>><br>> 
based<br>>><br>> 
on<br>>><br>> 
the<br>>><br>> 
various<br>>><br>> 
annotation<br>>><br>> 
hierarchies<br>>><br>> 
in<br>>><br>> 
this<br>>><br>> 
example.<br>>><br>> 
The<br>>><br>> 
entire<br>>><br>> 
example/demo<br>>><br>> 
is<br>>><br>> 
self-contained<br>>><br>> 
so<br>>><br>> 
it<br>>><br>> 
is<br>>><br>> 
relatively<br>>><br>> 
straight-forward<br>>><br>> 
to<br>>><br>> 
extend<br>>><br>> 
it<br>>><br>> 
to<br>>><br>> 
more<br>>><br>> 
closely<br>>><br>> 
meet<br>>><br>> 
your<br>>><br>> 
needs.<br>>><br>> 
It<br>>><br>> 
should<br>>><br>> 
be<br>>><br>> 
very<br>>><br>> 
easy<br>>><br>> 
to<br>>><br>> 
set<br>>><br>> 
up,<br>>><br>> 
and<br>>><br>> 
I<br>>><br>> 
will<br>>><br>> 
be<br>>><br>> 
happy<br>>><br>> 
to<br>>><br>> 
help<br>>><br>> 
you<br>>><br>> 
if<br>>><br>> 
you<br>>><br>> 
run<br>>><br>> 
into<br>>><br>> 
trouble.<br>>><br>>><br>> 
Sorry,<br>>><br>> 
not<br>>><br>> 
sure<br>>><br>> 
what<br>>><br>> 
you<br>>><br>> 
mean<br>>><br>> 
by<br>>><br>> 
IDL<br>>><br>> 
-<br>>><br>> 
Corba's<br>>><br>> 
IDL?<br>>><br>> 
OME's<br>>><br>> 
design<br>>><br>> 
is<br>>><br>> 
somewhat<br>>><br>> 
informed<br>>><br>> 
by<br>>><br>> 
Corba,<br>>><br>> 
but<br>>><br>> 
is<br>>><br>> 
a<br>>><br>> 
vast<br>>><br>> 
simplification<br>>><br>> 
of<br>>><br>> 
all<br>>><br>> 
that<br>>><br>> 
it<br>>><br>> 
entails.<br>>><br>> 
-Ilya<br>>><br>>><br>>><br>> 
On<br>>><br>> 
Jan<br>>><br>> 
24,<br>>><br>> 
2008,<br>>><br>> 
at<br>>><br>> 
4:28<br>>><br>> 
PM,<br>>><br>> 
Kasthuri<br>>><br>> 
Srinivasan<br>>><br>> 
Kannan<br>>><br>> 
wrote:<br>>><br>>>><br>>><br>> 
Hi:<br>>>><br>>>><br>>><br>> 
I<br>>><br>> 
thank<br>>><br>> 
the<br>>><br>> 
developers<br>>><br>> 
of<br>>><br>> 
OME.<br>>><br>> 
Its<br>>><br>> 
a<br>>><br>> 
nice<br>>><br>> 
tool.<br>>><br>> 
We<br>>><br>> 
are<br>>><br>> 
trying<br>>><br>> 
to<br>>>><br>>><br>> 
use<br>>><br>> 
OME<br>>><br>> 
for<br>>><br>> 
the<br>>><br>> 
microscopy<br>>><br>> 
data<br>>><br>> 
obtained<br>>><br>> 
in<br>>><br>> 
our<br>>><br>> 
institute.<br>>><br>> 
I<br>>><br>> 
went<br>>>><br>>><br>> 
through<br>>><br>> 
the<br>>><br>> 
"The<br>>><br>> 
Use,<br>>><br>> 
Configuration<br>>><br>> 
and<br>>><br>> 
Implementation<br>>><br>> 
of<br>>><br>> 
the<br>>><br>> 
OME<br>>>><br>>><br>> 
Image<br>>><br>> 
Table<br>>><br>> 
Tools"<br>>><br>> 
documentation<br>>><br>> 
in<br>>><br>> 
the<br>>><br>> 
"How<br>>><br>> 
To<br>>><br>> 
&<br>>><br>> 
User<br>>><br>> 
Guides"<br>>><br>> 
in<br>>>><br>>><br>> 
the<br>>><br>> 
OME<br>>><br>> 
page<br>>><br>> 
which<br>>><br>> 
I<br>>><br>> 
found<br>>><br>> 
pertinant<br>>><br>> 
to<br>>><br>> 
the<br>>><br>> 
kind<br>>><br>> 
of<br>>><br>> 
application<br>>>><br>>><br>> 
that<br>>><br>> 
we<br>>><br>> 
are<br>>><br>> 
working<br>>><br>> 
on.<br>>><br>> 
In<br>>><br>> 
the<br>>><br>> 
documentation,<br>>><br>> 
I<br>>><br>> 
found<br>>><br>> 
NIA<br>>><br>> 
mouse<br>>>><br>>><br>> 
development<br>>><br>> 
images<br>>><br>> 
and<br>>><br>> 
data<br>>><br>> 
model<br>>><br>> 
were<br>>><br>> 
taken<br>>><br>> 
as<br>>><br>> 
an<br>>><br>> 
example<br>>><br>> 
to<br>>>><br>>><br>> 
illiustrate<br>>><br>> 
the<br>>><br>> 
configuration<br>>><br>> 
and<br>>><br>> 
implementation<br>>><br>> 
of<br>>><br>> 
OME<br>>><br>> 
image<br>>><br>> 
table<br>>>><br>>><br>> 
tools.<br>>><br>> 
However,<br>>><br>> 
I<br>>><br>> 
was<br>>><br>> 
not<br>>><br>> 
able<br>>><br>> 
to<br>>><br>> 
see<br>>><br>> 
the<br>>><br>> 
NIA<br>>><br>> 
images<br>>><br>> 
or<br>>><br>> 
the<br>>><br>> 
tables<br>>>><br>>><br>> 
when<br>>><br>> 
I<br>>><br>> 
logged<br>>><br>> 
into<br>>><br>> 
the<br>>><br>> 
OME<br>>><br>> 
using<br>>><br>> 
the<br>>><br>> 
username<br>>><br>> 
and<br>>><br>> 
the<br>>><br>> 
password<br>>>><br>>><br>> 
assigned<br>>><br>> 
to<br>>><br>> 
me<br>>><br>> 
by<br>>><br>> 
my<br>>><br>> 
admin.<br>>><br>> 
Are<br>>><br>> 
those<br>>><br>> 
images<br>>><br>> 
availabe<br>>><br>> 
only<br>>><br>> 
using<br>>>><br>>><br>> 
the<br>>><br>> 
guest<br>>><br>> 
access<br>>><br>> 
mode?<br>>><br>> 
If<br>>><br>> 
not,<br>>><br>> 
what<br>>><br>> 
changes<br>>><br>> 
do<br>>><br>> 
the<br>>><br>> 
admin<br>>><br>> 
has<br>>><br>> 
to<br>>>><br>>><br>> 
make<br>>><br>> 
to<br>>><br>> 
view<br>>><br>> 
those<br>>><br>> 
NIA<br>>><br>> 
tables<br>>><br>> 
other<br>>><br>> 
than<br>>><br>> 
re-installing<br>>><br>> 
OME<br>>><br>> 
and<br>>>><br>>><br>> 
validating<br>>><br>> 
the<br>>><br>> 
guest<br>>><br>> 
user<br>>><br>> 
account?<br>>><br>> 
And<br>>><br>> 
where<br>>><br>> 
can<br>>><br>> 
I<br>>><br>> 
find<br>>><br>> 
the<br>>>><br>>><br>> 
"MouseAnnotations.ome"<br>>><br>> 
file?<br>>><br>> 
Also,<br>>><br>> 
it<br>>><br>> 
will<br>>><br>> 
be<br>>><br>> 
of<br>>><br>> 
help<br>>><br>> 
to<br>>><br>> 
know<br>>><br>> 
how<br>>>><br>>><br>> 
one<br>>><br>> 
can<br>>><br>> 
make<br>>><br>> 
changes<br>>><br>> 
(like<br>>><br>> 
defining<br>>><br>> 
a<br>>><br>> 
new<br>>><br>> 
semantic<br>>><br>> 
type)<br>>><br>> 
to<br>>><br>> 
the<br>>>><br>>><br>> 
already<br>>><br>> 
existing<br>>><br>> 
NIA<br>>><br>> 
templates<br>>><br>> 
and<br>>><br>> 
view<br>>><br>> 
the<br>>><br>> 
corresponding<br>>><br>> 
images<br>>><br>> 
in<br>>>><br>>><br>> 
the<br>>><br>> 
web<br>>><br>> 
based<br>>><br>> 
interface.<br>>>><br>>>><br>>><br>> 
Thanks.<br>>>><br>>><br>> 
Kasthuri<br>>><br>> 
Kannan.<br>>>><br>>>><br>>><br>> 
P.S:<br>>><br>> 
On<br>>><br>> 
a<br>>><br>> 
different<br>>><br>> 
note<br>>><br>> 
though,<br>>><br>> 
has<br>>><br>> 
anybody<br>>><br>> 
tried<br>>><br>> 
working<br>>><br>> 
with<br>>><br>> 
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