Hi Ralph, Every time I have seen the 'DBD::Pg::st execute failed: ERROR:  syntax error at or near "$1"' error, it's been due to a buggy version of DBD::Pg. So I second Ilya's advice to downgrade DBD::Pg (as the website's install notes explain, many versions of it cause problems with OME). One easy way to make things work is to uninstall DBD::Pg, then rerun the OME installer. It will detect that DBD::Pg is not installed and offer to download and install a known working version from the OME repository.

<br><br>-Curtis<br><br><div><span class="gmail_quote">On 6/23/06, <b class="gmail_sendername">Brandenberger, Ralph</b> <<a href="mailto:RBrandenberger@geron.com">RBrandenberger@geron.com</a>> wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

Hi,<br><br>I am trying to install OME using the following configuration:<br><br>OME-2.4.0 stable release<br>RHLinux 9 with lots of updates...<br>Perl 5.8.8<br>Postgres 8.0.8<br>Apache 2.0.55<br>DBI: 1.51<br>DBD::Pg 1.49<br>

(generally most up-to-date version of all perl modules) I am running into the following problem during the database bootstrap. The tables are created, configuration is initialized, and the install script proceeds to the "Finalize Database" step.

<br><br>Has anybody seen similar errors?<br>Any help would be greatly appreciated.<br><br>THX!<br>Ralph<br><br><br>---------------------<br> Finalizing Database<br>---------------------<br><br>  \__ Creating repository object

<br><br>What is the URL of the OME Image server (omeis) ?<br>[<a href="http://bava.geron.com/cgi-bin/omeis">http://bava.geron.com/cgi-bin/omeis</a>]: <a href="http://10.1.2.28/cgi-bin/omeis">http://10.1.2.28/cgi-bin/omeis

</a><br>Checking OMEIS repository [SUCCESS].<br>Importing core XML<br>  \__ /u01/bioinformatics/geron/OME/OME/src/xml/OME/Core/Experiment.ome<br>NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index<br>"experiments_pkey" for table "experiments"

<br>[SUCCESS].<br>  \__ /u01/bioinformatics/geron/OME/OME/src/xml/OME/Core/Plate.ome<br>NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index<br>"plates_pkey" for table "plates"<br>[SUCCESS].<br>

  \__ /u01/bioinformatics/geron/OME/OME/src/xml/OME/Core/Screen.ome<br>NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index<br>"screens_pkey" for table "screens"<br>NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index

<br>"plate_screen_map_pkey" for table "plate_screen_map"<br>[SUCCESS].<br>  \__<br>/u01/bioinformatics/geron/OME/OME/src/xml/OME/Core/Experimenter.ome<br>[SUCCESS].<br>  \__ /u01/bioinformatics/geron/OME/OME/src/xml/OME/Core/Group.ome

<br>[SUCCESS].<br>  \__ /u01/bioinformatics/geron/OME/OME/src/xml/OME/Core/Instrument.ome<br>NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index<br>"instruments_pkey" for table "instruments"

<br>NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index<br>"light_sources_pkey" for table "light_sources"<br>NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index<br>"lasers_pkey" for table "lasers"

<br>NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index<br>"filaments_pkey" for table "filaments"<br>NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index<br>"arcs_pkey" for table "arcs"

<br>NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index<br>"detectors_pkey" for table "detectors"<br>NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index<br>"objectives_pkey" for table "objectives"

<br>NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index<br>"filter_pkey" for table "filter"<br>NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index<br>"excitation_filters_pkey" for table "excitation_filters"

<br>NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index<br>"dichroics_pkey" for table "dichroics"<br>NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index<br>"emission_filters_pkey" for table "emission_filters"

<br>NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index<br>"filter_sets_pkey" for table "filter_sets"<br>NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index<br>"otfs_pkey" for table "otfs"

<br>[SUCCESS].<br>  \__ /u01/bioinformatics/geron/OME/OME/src/xml/OME/Core/Image.ome<br>NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index<br>"image_info_pkey" for table "image_info"<br>NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index

<br>"imaging_environments_pkey" for table "imaging_environments"<br>NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index<br>"thumbnails_pkey" for table "thumbnails"<br>NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index

<br>"logical_channels_pkey" for table "logical_channels"<br>NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index<br>"channel_components_pkey" for table "channel_components"

<br>NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index<br>"display_channels_pkey" for table "display_channels"<br>NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index<br>"display_options_pkey" for table "display_options"

<br>NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index<br>"display_roi_pkey" for table "display_roi"<br>NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index<br>"stage_labels_pkey" for table "stage_labels"

<br>NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index<br>"image_plates_pkey" for table "image_plates"<br>NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index<br>"image_pixels_pkey" for table "image_pixels"

<br>NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index<br>"image_dimensions_pkey" for table "image_dimensions"<br>[SUCCESS].<br>  \__<br>/u01/bioinformatics/geron/OME/OME/src/xml/OME/Core/OMEIS/Repository.ome

<br>[SUCCESS].<br>  \__<br>/u01/bioinformatics/geron/OME/OME/src/xml/OME/Core/OMEIS/OriginalFile.om<br>e NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY will create implicit index<br>"original_files_pkey" for table "original_files"

<br>[SUCCESS].<br>  \__<br>/u01/bioinformatics/geron/OME/OME/src/xml/OME/Import/ImportModule.ome<br>DBD::Pg::st execute failed: ERROR:  syntax error at or near "$1" at<br>character 172<br>[FAILURE].<br><br><br>Errors executing task: Error loading XML file

<br>"/u01/bioinformatics/geron/OME/OME/src/xml/OME/Import/ImportModule.ome",<br>see CoreDatabaseTablesTask.log details. at (eval 181) line 1<br><br> at install.pl line 80<br>        main::run_tasks() called at install.pl

 line 249<br># Looks like your test died before it could output anything.<br><br><br><br><br>Here's the CoreDatabaseTablesTask.log section:<br><br>Creating OME PostgreSQL SUPERUSER (ome)<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::LookupTable"

<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::LookupTable::Entry"<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::DataTable"<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::DataTable::Column"<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::SemanticType"

<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::SemanticType::Element"<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::SemanticType::BootstrapExperimenter"<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::SemanticType::BootstrapGroup"<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::SemanticType::BootstrapExperimenterGroup"

<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::SemanticType::BootstrapRepository"<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::Dataset"<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::Project"<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::Project::DatasetMap"

<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::Image"<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::Image::DatasetMap"<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::Feature"<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::UserState"<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::ViewerPreferences"

<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::LSID"<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::Module::Category"<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::Module"<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::Module::FormalInput"<br>

SUCCESS LOADING CLASS "OME::Module::FormalOutput"<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::AnalysisChain"<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::AnalysisChain::Node"<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::AnalysisChain::Link"

<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::AnalysisPath"<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::AnalysisPath::Map"<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::ModuleExecution"<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::ModuleExecution::ActualInput"

<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::ModuleExecution::SemanticTypeOutput"<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::ModuleExecution::ParentalOutput"<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::ModuleExecution::VirtualMEXMap"

<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::AnalysisChainExecution"<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::AnalysisChainExecution::NodeExecution"<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::Task"<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::Analysis::Engine::Worker"

<br>SUCCESS LOADING CLASS "OME::Configuration::Variable"<br>Checking repository<br>Repository URL: <a href="http://10.1.2.28/cgi-bin/omeis">http://10.1.2.28/cgi-bin/omeis</a><br>ENVIRONMENT->omeis_url(): <a href="http://10.1.2.28/cgi-bin/omeis">

http://10.1.2.28/cgi-bin/omeis</a><br>Getting an LWP user agent<br>Generating request for <a href="http://10.1.2.28/cgi-bin/omeis">http://10.1.2.28/cgi-bin/omeis</a><br>Getting response from <a href="http://10.1.2.28/cgi-bin/omeis">

http://10.1.2.28/cgi-bin/omeis</a><br>Parsing response from <a href="http://10.1.2.28/cgi-bin/omeis">http://10.1.2.28/cgi-bin/omeis</a><br>Repository is configured correctly<br>SUCCESS LOADING XML FILE<br>"/u01/bioinformatics/geron/OME/OME/src/xml/OME/Core/Experiment.ome"

<br>SUCCESS LOADING XML FILE<br>"/u01/bioinformatics/geron/OME/OME/src/xml/OME/Core/Plate.ome"<br>SUCCESS LOADING XML FILE<br>"/u01/bioinformatics/geron/OME/OME/src/xml/OME/Core/Screen.ome"<br>SUCCESS LOADING XML FILE

<br>"/u01/bioinformatics/geron/OME/OME/src/xml/OME/Core/Experimenter.ome"<br>SUCCESS LOADING XML FILE<br>"/u01/bioinformatics/geron/OME/OME/src/xml/OME/Core/Group.ome"<br>SUCCESS LOADING XML FILE<br>"/u01/bioinformatics/geron/OME/OME/src/xml/OME/Core/Instrument.ome"

<br>SUCCESS LOADING XML FILE<br>"/u01/bioinformatics/geron/OME/OME/src/xml/OME/Core/Image.ome"<br>SUCCESS LOADING XML FILE<br>"/u01/bioinformatics/geron/OME/OME/src/xml/OME/Core/OMEIS/Repository.ome<br>"

<br>SUCCESS LOADING XML FILE<br>"/u01/bioinformatics/geron/OME/OME/src/xml/OME/Core/OMEIS/OriginalFile.o<br>me"<br>ERROR LOADING XML FILE<br>"/u01/bioinformatics/geron/OME/OME/src/xml/OME/Import/ImportModule.ome"

<br>-- OUTPUT: "DBD::Pg::st execute failed: ERROR:  syntax error at or near<br>"$1" at character 172"<br>_______________________________________________<br>ome-users mailing list<br><a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">

ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br><a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br></blockquote></div><br>