<div dir="ltr"><div>Hi Sebastien,</div><div><br></div><div>Thank you, it is exactly what I was looking for!</div><div><br></div><div>Regards,</div><div><br></div><div>Etienne<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 29, 2018 at 8:58 PM, Sebastien Besson (Staff) <span dir="ltr"><<a href="mailto:s.besson@dundee.ac.uk" target="_blank">s.besson@dundee.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">
HI Etienne,
<div><br>
</div>
<div>
<div><span class="">On 29 May 2018, at 17:45, Etienne Dumoulin <<a href="mailto:etienne@phenomic.ai" target="_blank">etienne@phenomic.ai</a>> wrote:<br>
<blockquote type="cite"><br class="m_3072479184747088785Apple-interchange-newline">
<div>
<div dir="ltr">
<div>Hi Omero developers,</div>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<blockquote type="cite">
<div>
<div dir="ltr">
<div>I have just started using the OMERO platform and I have a couple of separate questions. I will send them in two different emails, I hope you don't mind.<br>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
</span><div>No worries at all. Splitting unrelated topics using different threads makes complete sense.</div><span class="">
<br>
<blockquote type="cite">
<div>
<div dir="ltr">
<div>I have just customized an import. My new import loads a screen (a set of plates) using "omero import" command line tool on a directory (I think it is the only way to do it in Python) and adds annotations on the wells, plates and screen. It is
 working quite nicely, however I am not too sure how to create my integration tests. All the plate directories I have are several gigabytes big and I don't know how to create my own XML metadata file for a plate. All my attempts create orphaned images at the
 import. Ideally, I would like to be able to load a mini-plate successfully in a few seconds, a minute top.</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</span></div>
<div><span class=""><br>
<blockquote type="cite">
<div>
<div dir="ltr">
<div>What would you do in my situation? </div>
</div>
</div>
</blockquote>
<br>
</span><div>
<div>For integration testing, your requirements make complete sense. You might want to</div>
<div>use Bio-Formats test images [1] which have support for HCS layout e.g. </div>
<div><br>
</div>
<div>$ touch “test&screens=1.fake"</div>
<div>$ bin/omero import "test&screens=1.fake”</div>
<div><br>
</div>
<div>The OMERO integration tests are making heave use of this functionality for importing</div>
<div>images without the need for real data - see for instance the CLI import integration tests [2].</div>
<div><br>
</div>
</div>
<div>[1] <a href="https://docs.openmicroscopy.org/bio-formats/5.8.2/developers/generating-test-images.html" target="_blank">https://docs.<wbr>openmicroscopy.org/bio-<wbr>formats/5.8.2/developers/<wbr>generating-test-images.html</a> </div>
<div>
<div>[2] <font color="#0069d9"><u><a href="https://github.com/openmicroscopy/openmicroscopy/blob/v5.4.6/components/tools/OmeroPy/test/integration/clitest/test_import.py#L1042" target="_blank">https://github.com/<wbr>openmicroscopy/openmicroscopy/<wbr>blob/v5.4.6/components/tools/<wbr>OmeroPy/test/integration/<wbr>clitest/test_import.py#L1042</a></u></font></div>
<div><br>
</div>
</div>
<blockquote type="cite">
<div>
<div dir="ltr">
<div>Thanks,</div>
<div><br>
</div>
<div>Etienne<br>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
Hope this helps,</div>
<div>Sébastien</div>
<div><br>
</div>
<div>NB: the OME team is holding its annual Users Meeting for the next three days. Please bare with us</div>
<div>as we might come back to the two other threads you started as late as next Monday. </div>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div><span class="">
<div dir="ltr">
<div>
<div>-- <br>
<div class="m_3072479184747088785gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>Etienne Dumoulin</div>
<div>PhenomicAI</div>
<div>Lead software engineer</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div></span>
______________________________<wbr>_________________<br>
ome-devel mailing list<br>
<a href="mailto:ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-devel@lists.<wbr>openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-devel" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.<wbr>org.uk/mailman/listinfo/ome-<wbr>devel</a><br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
<br>
<span style="font-size:10pt">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>
</div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Etienne Dumoulin</div><div>PhenomicAI</div><div>Lead software engineer</div><div>+1 (416)-471-8323<br></div></div></div></div></div></div></div>
</div>