
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">

<div class="">

<div class="">

<div class="">Dear all,<br class="">

<br class="">

Today we are releasing Bio-Formats 5.8.2 which includes the following changes:</div>

</div>

<div class=""><br class="">

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">File format fixes and improvements:</div>

<div class="">

<ul class="">

<li class="">JPEG

<ul class="">

<li class="">large images with no restart markers now revert to using DefaultJPEGReader for improved decoding</li></ul>

</li><li class="">Micro-Manager

<ul class="">

<li class="">when available PositionName will be parsed and used as the image name</li></ul>

</li><li class="">Hamamatsu ndpi

<ul class="">

<li class="">updated image names to be more meaningful when resolutions are not flattened</li></ul>

</li><li class="">InCell 2000/6000

<ul class="">

<li class="">fixed an IllegalArgumentException and improved well and field indexing</li></ul>

</li><li class="">AVI

<ul class="">

<li class="">fixed a bug with padding for RGB images</li></ul>

</li><li class="">NIfTI

<ul class="">

<li class="">the nDimensions field is now used to read additional dimensions when size is greater than 4</li></ul>

</li><li class="">PerkinElmer Opera Flex

<ul class="">

<li class="">fixed a bug which resulted in an incorrect field count</li></ul>

</li><li class="">Zeiss CZI

<ul class="">

<li class="">improved handling of files with no extension</li></ul>

</li></ul>

</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Bug fixes and improvements:</div>

<div class="">

<ul class="">

<li class="">an error message is now logged by ImageReader when finding a reader for an empty file</li><li class="">added a new protected helper method to Memoizer to check if a directory is writable</li><li class="">improved the rounding of PlanePosition values for data repo configuration testing</li><li class="">prevented a null pointer exception when retrieving plane exposure time using Bio-Formats ImageJ macro extensions</li><li class="">updated MinMaxCalculator to account for unflattened multi resolution images</li></ul>

</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Documentation improvements:</div>

<div class="">

<ul class="">

<li class="">decoupled the Bio-Formats documentation to the new <a href="https://github.com/ome/bio-formats-documentation" class="">ome/bio-formats-documentation GitHub repository</a> </li><li class="">updated <a href="https://docs.openmicroscopy.org/bio-formats/5.8.2/developers/format-documentation.html" class="">Adding format/reader documentation</a> for the new decoupled workflow</li><li class="">improved link checking in automated builds</li></ul>

</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">

<div class="">Full details can be found at <a href="https://docs.openmicroscopy.org/bio-formats/5.8.2/about/whats-new.html" class="">https://docs.openmicroscopy.org/bio-formats/5.8.2/about/whats-new.html</a><br class="">

<br class="">

The software is available at:<br class="">

<a href="https://www.openmicroscopy.org/bio-formats/downloads/" class="">https://www.openmicroscopy.org/bio-formats/downloads/</a><br class="">

and will shortly be available from the Java-8 update site for Fiji users.<br class="">

<br class="">

Any problems or comments, please use the OME Forums or mailing lists:<br class="">

<br class="">

<a href="http://www.openmicroscopy.org/support" class="">http://www.openmicroscopy.org/support</a><br class="">

<br class="">

<br class="">

</div>

<div class="">Regards,<br class="">

<br class="">

The OME Team</div>

</div>

</div>

<br>

<span style="font-size:10pt;">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>

</body>

</html>