<div dir="ltr">Dear all,
<div><br></div><div>I'm trying to use the in-memory reading method as documented here:</div><div><br></div><div><a href="https://docs.openmicroscopy.org/bio-formats/5.6.0/developers/in-memory.html">https://docs.openmicroscopy.org/bio-formats/5.6.0/developers/in-memory.html</a><br></div><div><br></div><div>in combination with a NDPI reader + BufferedImageReader:</div><div><br></div><div><br></div><div><div>        String fn = "test3-DAPI 2 (387) .ndpi";</div><div><br></div><div>        // read in entire file</div><div>        System.out.println("Reading file into memory from disk...");</div><div>        File inputFile = new File(fn);</div><div>        int fileSize = (int) inputFile.length();</div><div>        DataInputStream in = new DataInputStream(new FileInputStream(inputFile));</div><div>        byte[] inBytes = new byte[fileSize];</div><div>        in.readFully(inBytes);</div><div>        System.out.println(fileSize + " bytes read.");</div><div>        in.close();</div><div>        </div><div>        String fileName = inputFile.getName();</div><div>        int dot = fileName.lastIndexOf(".");</div><div>        String suffix = dot < 0 ? "" : fileName.substring(dot);</div><div><br></div><div>        // map input id string to input byte array</div><div>        final String inId = "inBytes" + suffix;</div><div>        Location.mapFile(inId, new ByteArrayHandle(inBytes));</div><div><br></div><div>        NDPIReader reader = new NDPIReader();</div><div>        reader.setFlattenedResolutions(false);</div><div>        reader.setId(inId);</div><div>        System.out.println("size reader: "+reader.getSizeX()+" x" +reader.getSizeY()); // works</div><div>        try {</div><div>            BufferedImageReader bir = new BufferedImageReader(reader);</div><div>            BufferedImage bi = bir.openImage(0, 0, 0, 100, 100);   // IndexOutOfBoundsException !!!</div><div>            System.out.println("size image: " + bi.getWidth() + " x " + bi.getHeight());</div><div>        } finally {</div><div>            reader.close();</div><div>        }</div></div><div><br></div><div>NDPI testfile from here:</div><div><a href="http://downloads.openmicroscopy.org/images/Hamamatsu-NDPI/manuel/test3-DAPI%202%20(387)%20.ndpi">http://downloads.openmicroscopy.org/images/Hamamatsu-NDPI/manuel/test3-DAPI%202%20(387)%20.ndpi</a><br></div><div><br></div><div>the line bir.openImage throws an IndexOutOfBoundsException - without the memory mapping it works.</div><div>Any hints what I'm doing wrong?</div><div><br></div><div>Thanks a lot for your help!</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Manuel</div><div><br></div><div> </div><div><br></div></div>

<br>
<div><br></div><div><div><font size="2">The information of this email and in any file transmitted with it is strictly confidential and may be legally privileged.</font></div><div><font size="2">It is intended solely for the addressee. If you are not the intended recipient, any copying, distribution or any other use of this email is prohibited and may be unlawful. In such case, you should please notify the sender immediately and destroy this email.</font></div><div><font size="2">The content of this email is not legally binding unless confirmed by letter.</font></div><div><font size="2">Any views expressed in this message are those of the individual sender, except where the message states otherwise and the sender is authorized to state them to be the views of the sender's company.</font></div></div>