<div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">Hi Sebastien,</span><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">thanks a lot for the promt help!</span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">Regards,</span></div><div><span style="font-size:12.8px">Manuel<br></span><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi Manuel,
<div><br>
<div>
<blockquote type="cite">
<div>On 17 Jul 2017, at 15:32, Manuel Stritt <<a href="mailto:manuel.stritt@idorsia.com" target="_blank">manuel.stritt@idorsia.com</a>> wrote:</div>
<br class="m_4703851352941067934Apple-interchange-newline">
<div>
<div dir="ltr">
<div>Dear all,</div>
<div><br>
</div>
<div>I've been informed by the vendor that in BF images the white point (the gray values to be skipped for visualization) is stored by the machine and </div>
<div>it should be possible to read it via the CZIReader.</div>
<div>(Not sure if 'white balance' is the correct wording here.) </div>
<div><br>
</div>
<div>So far I did not find a specific meta data for that. Do you know anything about this value and can tell me how to read it out?</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div>Looking at a couple of example CZI files, I would think the following key/value pairs in the original</div>
<div>metadata table populate at the reader initialisation would contain the information you need:</div>
<span>
<div><span><br>
</span></div>
</span><span>$ ~/bftools-5.5.3/showinf -nopix 2015_08_21__16_09__0954.czi  | grep WhiteBalance<br>
</span><span>Experiment|AcquisitionBlock|<wbr>AcquisitionModeSetup|Camera|<wbr>WhiteBalance #1: 0.40944686621105,0.<wbr>50887655000016,1<br>
Experiment|AcquisitionBlock|<wbr>AcquisitionModeSetup|Camera|<wbr>WhiteBalanceOffset #1: 0<br>
Experiment|AcquisitionBlock|<wbr>AcquisitionModeSetup|Camera|<wbr>WhiteBalanceOffset|Status #1: Valid<br>
Experiment|AcquisitionBlock|<wbr>AcquisitionModeSetup|Camera|<wbr>WhiteBalance|Status #1: Valid<br>
HardwareSetting|<wbr>ParameterCollection|<wbr>WhiteBalance #1: 0.55201666149549,1,0.<wbr>79661143765063</span></div>
<span>HardwareSetting|<wbr>ParameterCollection|<wbr>WhiteBalance #2: 0.40944686621105,0.<wbr>50887655000016,1<br>
HardwareSetting|<wbr>ParameterCollection|<wbr>WhiteBalance.Default #1: 1.01,0.8,0.5<br>
HardwareSetting|<wbr>ParameterCollection|<wbr>WhiteBalance.Default #2: 1,1,1<br>
…</span><span><br>
</span></div>
<div><span><br>
</span>
<div>
<blockquote type="cite">
<div>
<div dir="ltr">
<div>Or maybe even more in general - is there a white balance meta data field even for other formats?</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div>It is certainly possible other formats store the same information. Note however that</div>
<div>this information will be available via the Original Metadata and not the OME metadata.</div>
<div>This means that both the existence and the nomenclature will be vendor specific with no</div>
<div>cross-format naming consistency [1].</div>
<div><br>
</div>
<div>Best,</div>
<div>Sebastien</div>
<div><br>
</div>
[1] <a href="https://www.openmicroscopy.org/site/support/bio-formats5.5/about/index.html#bio-formats-metadata-processing" target="_blank">https://www.<wbr>openmicroscopy.org/site/<wbr>support/bio-formats5.5/about/<wbr>index.html#bio-formats-<wbr>metadata-processing</a> </div>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>
<div dir="ltr">
<div>Thanks for your help!</div>
<div><br>
</div>
<div>Regards,</div>
<div>Manuel</div>
<div> </div>
<br clear="all">
<div><br>
</div>
</div>
<br>
<div><br>
</div>
<div>
<div><font size="2">The information of this email and in any file transmitted with it is strictly confidential and may be legally privileged.</font></div>
<div><font size="2">It is intended solely for the addressee. If you are not the intended recipient, any copying, distribution or any other use of this email is prohibited and may be unlawful. In such case, you should please notify the sender
 immediately and destroy this email.</font></div>
<div><font size="2">The content of this email is not legally binding unless confirmed by letter.</font></div>
<div><font size="2">Any views expressed in this message are those of the individual sender, except where the message states otherwise and the sender is authorized to state them to be the views of the sender's company.</font></div>
</div>
______________________________<wbr>_________________<br>
ome-devel mailing list<br>
<a href="mailto:ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-devel@lists.<wbr>openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-devel" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.<wbr>org.uk/mailman/listinfo/ome-<wbr>devel</a><br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
<br>
<span style="font-size:10pt">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
ome-devel mailing list<br>
<a href="mailto:ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-devel@lists.<wbr>openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-devel" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.<wbr>org.uk/mailman/listinfo/ome-<wbr>devel</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div><br>
</div></div></div>

<br>
<div><br></div><div><div><font size="2">The information of this email and in any file transmitted with it is strictly confidential and may be legally privileged.</font></div><div><font size="2">It is intended solely for the addressee. If you are not the intended recipient, any copying, distribution or any other use of this email is prohibited and may be unlawful. In such case, you should please notify the sender immediately and destroy this email.</font></div><div><font size="2">The content of this email is not legally binding unless confirmed by letter.</font></div><div><font size="2">Any views expressed in this message are those of the individual sender, except where the message states otherwise and the sender is authorized to state them to be the views of the sender's company.</font></div></div>