
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">

<div class="">Dear All,</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Today we are releasing Bio-Formats 5.5.1 which includes the following changes:</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">File format improvements:</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">

<ul class="MailOutline">

<li class="">CellH5

<ul class="">

<li class="">fix for HDF5SymbolTableException when recycling an IFormatReader to reopen another CellH5 file</li><li class="">bug fix related to opening of subsets of CellH5 files, namely openBytes(r, no, x, y, w, h) for y>0</li></ul>

</li><li class="">Zeiss CZI

<ul class="">

<li class="">fix pyramid resolution indexing for pyramids of different depths</li><li class="">fix for incorrect channel names and colors</li></ul>

</li><li class="">Zeiss AxioVision ZVI

<ul class="">

<li class="">correct parsing of epoch for Zeiss TIFF and Zeiss ZVI</li></ul>

</li></ul>

</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Bug fixes:</div>

<div class="">

<ul class="">

<li class="">Command line tools

<ul class="">

<li class="">fix for java.lang. NegativeArraySizeException caused by incorrect dimensions when using showinf via command line with options set to autoscale and crop</li></ul>

</li><li class="">Format tools

<ul class="">

<li class="">fix for java.lang. IndexOutOfBoundsException when using getFilename[1] with an image containing multiple samples per pixel channels and a single effective channel</li></ul>

</li></ul>

</div>

<div class="">Updated build system:</div>

<div class="">

<ul class="">

<li class="">Autogen jobs

<ul class="">

<li class="">fix for gen-meta-support to locate available org.openmicroscopy:ome-xml sources from the Maven repository following the decoupling of the model components</li></ul>

</li><li class="">FileHandleTest

<ul class="">

<li class="">exclude JHDF5 native libraries from FileHandleTest to enable CellH5 files to be included in daily tests</li></ul>

</li></ul>

</div>

<div class="">Documentation improvements:</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">

<ul class="MailOutline">

<li class="">added a new example file[2] for reading and writing of XZ and YZ orthogonal planes</li></ul>

</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Full details can be found at <a href="http://www.openmicroscopy.org/site/support/bio-formats5.5/about/whats-new.html" class="">

http://www.openmicroscopy.org/site/support/bio-formats5.5/about/whats-new.html</a></div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">The software is available at:</div>

<div class=""><a href="http://downloads.openmicroscopy.org/bio-formats/5.5.1" class="">http://downloads.openmicroscopy.org/bio-formats/5.5.1</a></div>

<div class="">and will shortly be available from the Java-8 update site for Fiji users.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Any problems or comments, please use the OME Forums or mailing lists:</div>

<div class=""><a href="http://www.openmicroscopy.org/site/community" class="">http://www.openmicroscopy.org/site/community</a></div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Regards,</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">The OME Team</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">[1] <a href="https://downloads.openmicroscopy.org/bio-formats/5.5.1/api/loci/formats/FormatTools.html#getFilename-int-int-loci.formats.IFormatReader-java.lang.String-" class="">

https://downloads.openmicroscopy.org/bio-formats/5.5.1/api/loci/formats/FormatTools.html#getFilename-int-int-loci.formats.IFormatReader-java.lang.String-</a></div>

<div class="">[2] <a href="https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/develop/docs/sphinx/developers/examples/OrthogonalReader.java" class="">

https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/develop/docs/sphinx/developers/examples/OrthogonalReader.java</a></div>

<br class="">

<br class="">

<div class="">

<div class="">Dr Helen Flynn</div>

<div class="">OME Technical Writer</div>

<div class="">Centre for Gene Regulation & Expression</div>

<div class="">Open Microscopy Environment</div>

<div class="">University of Dundee</div>

<div class=""><a href="http://openmicroscopy.org/" class="">http://openmicroscopy.org</a></div>

<div class=""><br class="">

</div>

</div>

<br>

<span style="font-size:10pt;">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>

</body>

</html>