<div dir="ltr">Hi Ian,<div><br></div><div>> SLF4J: Class path contains multiple SLF4J bindings.</div><div><br></div><div>Maybe the docs about that are helpful?</div><div><a href="https://www.slf4j.org/codes.html#multiple_bindings" target="_blank">https://www.slf4j.org/codes.<wbr>html#multiple_bindings</a><br></div><div><br></div><div>> if anyone has any thoughts on a work-around that would be great.</div><div><br></div><div>The error message suggests that MATLAB now ships its own SLF4J binding. This makes sense, since best practice is for apps (like MATLAB and Fiji) to choose and ship a binding, rather than for libraries to mandate one. Otherwise, this situation can happen. Bio-Formats embeds an SLF4J binding into the bioformats_package.jar via its dependency on logback-classic. (Specifically: metakit and ome-common and bio-formats_plugins and bio-formats_tools all depend on it.)</div><div><br></div><div><div>Fiji's strategy is to ship logback-classic as its chosen SLF4J binding; fortunately, Fiji bundles no other libraries with conflicting bindings. But since MATLAB now ships its own, a different solution is needed. There are a couple of possibilities:</div></div><div><br></div><div>1) Change Bio-Formats to no longer depend on any JARs which include an SLF4J binding. This would be a desirable change in general.</div><div><br></div><div>2) Change FLIMfit to stop using bioformats_package in favor of the individual Bio-Formats JARs, and exclude the logback-classic dependency from its dependency hierarchy.</div><div><br></div><div>Regards,<br></div><div>Curtis</div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="m_-5738650066751389869gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><span style="font-size:12.8px">--</span></div><div><span style="font-size:12.8px">Curtis Rueden</span><br></div><div><span style="font-size:12.8px">LOCI software architect - <a href="https://loci.wisc.edu/software" target="_blank">https://loci.wisc.edu/software</a></span></div><div>ImageJ2 lead, Fiji maintainer - <span style="font-size:12.8px"><a href="https://imagej.net/User:Rueden" target="_blank">https://imagej.net/User:<wbr>Rueden</a></span></div><div>Did you know ImageJ has a forum? <a href="http://forum.imagej.net/" target="_blank">http://forum.imagej.net/</a></div><div><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Thu, Mar 30, 2017 at 5:34 AM, Munro, Ian <span dir="ltr"><<a href="mailto:i.munro@imperial.ac.uk" target="_blank">i.munro@imperial.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Good afternoon<br>
<br>
I wondered if anyone has any thoughts on an issue we’re currently having.<br>
The next release of our FLIMfit application is nearly ready for release.<br>
However when running the deployed version we get a warning:<br>
<br>
SLF4J: Class path contains multiple SLF4J bindings.<br>
SLF4J: Found binding in [jar:file:/Applications/MATLAB<wbr>/MATLAB_Runtime/v91/java/<wbr>jarext/slf4j/slf4j-log4j12.<wbr>jar!/org/slf4j/impl/StaticLogg<wbr>erBinder.class]<br>
SLF4J: Found binding in [jar:file:/Users/imunro/Librar<wbr>y/Application%20Support/.<wbr>mcrCache9.1/FLIMfi0/BFMatlab/b<wbr>ioformats_package.jar!/org/slf<wbr>4j/impl/StaticLoggerBinder.cla<wbr>ss]<br>
SLF4J: See <a href="http://www.slf4j.org/codes.html#multiple_bindings" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.slf4j.org/codes.htm<wbr>l#multiple_bindings</a> for an explanation.<br>
<br>
see also <a href="https://github.com/flimfit/FLIMfit/issues/299" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/flimfit/FLI<wbr>Mfit/issues/299</a><br>
<br>
Thiis seems to be a warning only but if anyone has any thoughts on a work-around that would be great.<br>
NB this arose with the recent move to Matlab 2016b.<br>
<br>
Many Thanks<br>
<br>
Ian<br>
<br>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
ome-devel mailing list<br>
<a href="mailto:ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-devel@lists.openmicroscopy<wbr>.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-devel" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.or<wbr>g.uk/mailman/listinfo/ome-deve<wbr>l</a><br>
</blockquote></div><br></div></div>