<div dir="ltr">Hi Kai,<div><br></div><div><div>> viewing the images in FIJI when fetched via the FIJI-OMERO-connector</div><div>> using virtual stack.</div></div><div><br></div><div>I am curious: do you mean ImageJ-OMERO [1]? Or the OMERO.insight-ij integration [2]?</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Curtis</div><div><br></div><div>[1] <a href="https://github.com/imagej/imagej-omero">https://github.com/imagej/imagej-omero</a><br></div><div><div>[2] <a href="http://help.openmicroscopy.org/imagej.html">http://help.openmicroscopy.org/imagej.html</a></div></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><span style="font-size:12.8px">--</span></div><div><span style="font-size:12.8px">Curtis Rueden</span><br></div><div><span style="font-size:12.8px">LOCI software architect - <a href="http://loci.wisc.edu/software" target="_blank">http://loci.wisc.edu/software</a></span></div><div>ImageJ2 lead, Fiji maintainer - <span style="font-size:12.8px"><a href="http://imagej.net/User:Rueden" target="_blank">http://imagej.net/User:Rueden</a></span></div><div>Did you know ImageJ has a forum? <a href="http://forum.imagej.net/" target="_blank">http://forum.imagej.net/</a></div><div><br></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Fri, Jan 20, 2017 at 6:37 AM, Kai Schleicher <span dir="ltr"><<a href="mailto:kai.schleicher@unibas.ch" target="_blank">kai.schleicher@unibas.ch</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
In our facility we have a couple of users that store large time laps datasets in OMERO.<br>
Viewing these, i.e. replaying and scrolling around in these tl files is however problematic when using the OMERO viewer, with several seconds long pauses when jumping between frames depending on the size of the images (e.g. ).<br>
<br>
I did however notice that there are performance difference depending on the viewer that is used. Here I have tested the web-viewer, desctop-client-viewer and viewing the images in FIJI when fetched via the FIJI-OMERO-connector using virtual stack.<br>
<br>
While the desktop-clients-viewer performs about 40% faster than the web-client, the FIJI-OMERO connector provided another increase of about 40% in replay speed compared to the desktop-client.<br>
<br>
While I am aware that these viewers are not meant to be optimal for tl-data, my tests make me wonder if it would be possible to write a simple viewer (e.g. in python) dedicated to only this task and optimise it for speed.<br>
I apologise if this question is very naive (and I am also _not_ asking you to write a new viewer :)), but I was simply wondering if there is any potential improving the situation for our users by this approach.<br>
<br>
Of course, if you happen to know other factors that also influence the speed at which tl data is replayed, e.g. the file format used, let me know and I'd be happy to try them outI'd be happy to know and try them out.<br>
<br>
Thanks for your help and cheers,<br>
Kai<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
-- <br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Please note my NEW PHONE NUMBERS: <a href="tel:%2B41%2061%20207%2057%2031" value="+41612075731" target="_blank">+41 61 207 57 31</a> (direct) <a href="tel:%2B41%2061%20207%2022%2050" value="+41612072250" target="_blank">+41 61 207 22 50</a> (central)<<<br>
</blockquote></blockquote>
Kai Schleicher, PhD | Research Associate in Advanced Light Microscopy | Biozentrum, University of Basel | Klingelbergstrasse 50/70 | CH-4056 Basel |<br>
Phone: <a href="tel:%2B41%2061%20207%2057%2031" value="+41612075731" target="_blank">+41 61 207 57 31</a> (direct) <a href="tel:%2B41%2061%20207%2022%2050" value="+41612072250" target="_blank">+41 61 207 22 50</a> (central) | <a href="mailto:kai.schleicher@unibas.ch" target="_blank">kai.schleicher@unibas.ch</a> | <a href="http://www.biozentrum.unibas.ch" rel="noreferrer" target="_blank">www.biozentrum.unibas.ch</a> | <a href="http://www.microscopynetwork.unibas.ch" rel="noreferrer" target="_blank">www.microscopynetwork.unibas.c<wbr>h</a><br>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
ome-devel mailing list<br>
<a href="mailto:ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-devel@lists.openmicroscopy<wbr>.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-devel" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.or<wbr>g.uk/mailman/listinfo/ome-deve<wbr>l</a><br>
</font></span></blockquote></div><br></div>