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</head>

<body ocsi="0" fpstyle="1">

<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Dear OME,<br>

<br>

I have for some time now been finding myself switching back to bfconvert version 4 when dealing with 16-bit microscopy images.<br>

<br>

The reason for this is that bfconvert version 5 produces tiff images that cannot be parsed by the freeimage library.<br>

<br>

Today I thought I'd spend a little bit of time trying to work out what is going on and send a query to your mailing list.<br>

<br>

The error that I get from freeimage is:<br>

<br>

FreeImage error: Unable to handle this format: bitspersample = 16, samplesperpixel = 1, photometric = 3<br>

<br>

I suspect that this has to do with the photmetric flag, which I don't really know anything about.<br>

However, looking through the freeimage source code I think it can be traced to the<br>

"<span class="pl-en">IsValidBitsPerSample" function on line 1079<br>

<br>

<a href="https://github.com/imazen/freeimage/blob/master/Source/FreeImage/PluginTIFF.cpp#L1097" target="_blank">https://github.com/imazen/freeimage/blob/master/Source/FreeImage/PluginTIFF.cpp#L1097</a><br>

<br>

In particular the check for the whether or not the "photometric" is a "PHOTOMETRIC_PALETTE" on line 1111.<br>

<br>

<a href="https://github.com/imazen/freeimage/blob/master/Source/FreeImage/PluginTIFF.cpp#L1111" target="_blank">https://github.com/imazen/freeimage/blob/master/Source/FreeImage/PluginTIFF.cpp#L1111</a><br>

</span><br>

Inspecting the content of the TIFF files generated using bfconvert it seems that one difference between version 4 and 5 is that the former has a photometric interpretation "BlackIsZero" and the latter "RGB Palette".<br>

<br>

Was this change in going from version 4 to 5 intentional?<br>

What was the rationale?<br>

<br>

I would love to be able to use newer versions of bfconvert on 16-bit micoscopy files and parse the files using freeimage.<br>

<br>

Do you think this will be possible in the future?<br>

<br>

Versions used here:<br>

<br>

Version: 4.4.2<br>

VCS revision: c2322fc<br>

Build date: 25 August 2012<br>

<br>

Version: 5.0.6<br>

VCS revision: 33b1150<br>

Build date: 10 November 2014<br>

<br>

Kind regards,<br>

<br>

Tjelvar<br>

<br>

<br>

</div>

</body>

</html>