
<html>


<head>


<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">


</head>


<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">


<br class="">


<blockquote type="cite" class="">On 23 Jun 2016, at 14:33, Éric Piel <<a href="mailto:piel@delmic.com" class="">piel@delmic.com</a>> wrote:<br class="">


<br class="">


Hello,<br class="">


<br class="">


In our microscope software, we have an exporter to OME-TIFF. Following the OME schema of 2013, we save the image transformation needed of some (fluorescence) images to align them on some other (SEM) images using the Image/Transform attribute:<br class="">


<a href="http://www.openmicroscopy.org/Schemas/Documentation/Generated/OME-2013-06/ome_xsd.html#Image_Transform" class="">http://www.openmicroscopy.org/Schemas/Documentation/Generated/OME-2013-06/ome_xsd.html#Image_Transform</a><br class="">


</blockquote>


<br class="">


Hi Éric,<br class="">


<br class="">


Adding a Transform attribute to the Image had been considered for inclusion in the 2013-06<br class="">


schema but this addition has been reverted late in the development process - see [1] [2].<br class="">


<br class="">


As you rightfully reported, the live oXygen documentation had not been updated from a


<div class="">development version of this schema and was erroneous documenting this element. We have</div>


<div class="">now regenerated our set of schema documentations to prevent confusion.<br class="">


<br class="">


<blockquote type="cite" class="">While trying to update our code to use the newer schema, I've realised that this attribute is gone in 2015-01 (and 2016-06). There is no mention of this in the changelog, nor in the XSLT transformations.<br class="">


</blockquote>


<br class="">


The Image.Transform attribute was not included as part of the 2013-06 Data Model which is </div>


<div class="">why neither the Model documentation nor the Transforms mention it. Having published a</div>


<div class=""> outdated schema documentation is entirely our mistake and we accept full responsibility for it.</div>


<div class="">As a consequence the OME-TIFF files generated by your software using this attribute might</div>


<div class="">be invalid as you can verify using the xmlvalid tool [3].<br class="">


<br class="">


<blockquote type="cite" class="">There is still 'Shape/Transform', but it's not clear to me how it can be used as replacement.<br class="">


</blockquote>


<br class="">


At the moment, Transforms are only used in the context of Regions of Interest although we have</div>


<div class="">certainly heard interest in modelling it for images as well.<br class="">


<br class="">


<blockquote type="cite" class="">Could anyone confirm this attribute was intentionally removed? Is there a suggested way to convey the same information with newer OME schema versions?<br class="">


<br class="">


</blockquote>


Our best recommendation would be to annotate the Image with a MapAnnotation using a custom</div>


<div class="">namespace and store the Transform elements as key/value pairs - see [4] for an example. These</div>


<div class="">annotations are completely supported across our software stack and will be maintained over model</div>


<div class="">upgrades.<br class="">


<br class="">


We sincerely apologize for this serious documentation issue. Thanks for raising it and please let us</div>


<div class="">know if we can assist further in the upgrade of your exporter functionality.<br class="">


<br class="">


</div>


<div class="">Best regards,<br class="">


Sebastien<br class="">


<br class="">


<blockquote type="cite" class="">Thanks in advance,<br class="">


Éric<br class="">


_______________________________________________<br class="">


ome-devel mailing list<br class="">


<a href="mailto:ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk" class="">ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br class="">


http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-devel<br class="">


</blockquote>


<br class="">


[1] <a href="https://github.com/openmicroscopy/bioformats/pull/559" class="">https://github.com/openmicroscopy/bioformats/pull/559</a>


<div class="">[2] <a href="http://trac.openmicroscopy.org/ome/ticket/3742" class="">http://trac.openmicroscopy.org/ome/ticket/3742</a></div>


<div class="">[3] <a href="http://www.openmicroscopy.org/site/support/bio-formats/users/comlinetools/xml-validation.html" class="">http://www.openmicroscopy.org/site/support/bio-formats/users/comlinetools/xml-validation.html</a></div>


<div class="">[4] <a href="http://www.openmicroscopy.org/site/support/ome-model/developers/structured-annotations.html" class="">http://www.openmicroscopy.org/site/support/ome-model/developers/structured-annotations.html</a></div>


<div class=""><br class="">


<br class="">


</div>


</div>


<br>


<span style="font-size:10pt;">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>


</body>


</html>