<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;">
<div>
<div>Hi,</div>
<div><br>
</div>
<div>Thank you for reporting your issue.</div>
<div>It would be great if you could upload your sample files to our QA server,</div>
<div><a href="https://www.openmicroscopy.org/qa2/qa/upload/">https://www.openmicroscopy.org/qa2/qa/upload/</a></div>
<div><br>
</div>
<div>This would help us troubleshoot your issue in better detail.</div>
<div><br>
</div>
<div>Best,</div>
<div>Balaji</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div><br>
</div>
<div>
<div style="color: rgb(40, 40, 40);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 255);">__________________</span></div>
<div style="color: rgb(40, 40, 40);">
<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">Mr Balaji Ramalingam</p>
<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">Software Developer<br>
</p>
<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">OME Team</p>
<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">College of Life Sciences</p>
<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">University of Dundee</p>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div><br>
</div>
<span id="OLK_SRC_BODY_SECTION">
<div style="font-family:Calibri; font-size:11pt; text-align:left; color:black; BORDER-BOTTOM: medium none; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0in; PADDING-LEFT: 0in; PADDING-RIGHT: 0in; BORDER-TOP: #b5c4df 1pt solid; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 3pt">
<span style="font-weight:bold">From: </span>Akos Gerencser <<a href="mailto:agerencser@buckinstitute.org">agerencser@buckinstitute.org</a>><br>
<span style="font-weight:bold">Reply-To: </span>OME External Developer List <<a href="mailto:ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk</a>><br>
<span style="font-weight:bold">Date: </span>Thursday, 3 March 2016 09:08<br>
<span style="font-weight:bold">To: </span>"<a href="mailto:ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk</a>" <<a href="mailto:ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk</a>><br>
<span style="font-weight:bold">Subject: </span>[ome-devel] BD pathway ratiometric images<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered medium)">
<style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Consolas;
        panose-1:2 11 6 9 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri",sans-serif;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:#0563C1;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:#954F72;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:"Calibri",sans-serif;
        color:windowtext;}
span.pl-pds
        {mso-style-name:pl-pds;}
span.pl-cce
        {mso-style-name:pl-cce;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-family:"Calibri",sans-serif;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
<div lang="EN-US" link="#0563C1" vlink="#954F72">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I’m attempting to open a BD Pathway data set using bio-formats 5.1.8. The data set has ratiometric channels that are saved as “<span style="background:white">* - n<span class="pl-cce">*</span>.tif”<span class="pl-pds"> and “</span>* - d<span class="pl-cce">*</span>.tif”<span class="pl-pds">
 files under the same channel name.<o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span class="pl-pds"><span style="background:white">The BDReader reads about the double number of time points for this channel, the first half are the numerator (*n*.tif) channel, the other half is blank. Looking the BDReader.java code
 it appears that only loading of the n*.tif files is coded.<o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span class="pl-pds"><span style="background:white">Does anyone have experience with opening such recordings?<o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span class="pl-pds"><span style="background:white">Best,<o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span class="pl-pds"><span style="background:white">   Akos                                
<o:p></o:p></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="background:white">Akos Gerencser MD. Ph.D.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="background:white">Assistant Director of the Morphology and Imaging Core<br>
Assistant Research Professor<br>
-------------------------<br>
Buck Institute for Research on Aging<br>
8001 Redwood blvd. Novato, CA, 94945 | T: (415)-209-2273 | F: (415)-209-2235 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Founder, Image Analyst Software<br>
43 Nova Lane  Novato, CA, 94945 | T: (415)-233-7467 | www.imageanalyst.net<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</span><br>
<span style="font-size:10pt;">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>
</body>
</html>