<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hi Will,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The idea was to get all tags belonging to a user or a group, perhaps even better for a group.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">It makes sense to get all Tags, since I don’t want duplicate tags for dataset / images and so on. Or what is the reason that these even exist?</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">We inspired ourselves from omero.webtagging source code which uses HQL, but I thought there could be a cleaner way.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thanks,<br class="">
<div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<p style="font-family: Arial, sans-serif; font-size: 10pt; line-height: 16px; color: rgb(33, 33, 33);" class="">
<span style="font-weight: bold; color: rgb(61, 59, 59); display: inline;" class="">Dr Christophe Trefois, Dipl.-Ing.</span><span class="Apple-converted-space"> </span><span class="Apple-converted-space"> </span><span style="display: inline;" class=""></span><br class="">
<span style="color: rgb(61, 59, 59); display: inline; font-size: 7.5pt;" class="">Technical Specialist / Post-Doc</span></p>
<p style="font-family: Arial, sans-serif; font-size: 7.5pt; line-height: 16px;" class="">
<span style="font-weight: bold; color: rgb(61, 59, 59); display: inline;" class="">UNIVERSITÉ DU LUXEMBOURG</span><br class="">
<span style="display: inline;" class=""><br class="">
</span><span style="font-weight: bold; color: rgb(61, 59, 59); display: inline;" class="">LUXEMBOURG CENTRE FOR SYSTEMS BIOMEDICINE</span><br class="">
<span style="color: rgb(61, 59, 59); display: inline;" class="">Campus Belval | House of Biomedicine<span class="Apple-converted-space"> </span><span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
<span class="Apple-converted-space">6, avenue du Swing </span><br class="">
L-4367 Belvaux<span class="Apple-converted-space"> </span><span class="Apple-converted-space"> </span></span><br class="">
<span style="color: rgb(61, 59, 59); display: inline;" class="">T:<span class="Apple-converted-space"> </span></span><span style="color: rgb(61, 59, 59); display: inline;" class="">+352 46 66 44 6124</span><span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
<span style="color: rgb(61, 59, 59); display: inline;" class="">F:<span class="Apple-converted-space"> </span></span><span style="color: rgb(61, 59, 59); display: inline;" class="">+352 46 66 44 6949</span><span class="Apple-converted-space"> </span><span class="Apple-converted-space"> </span><span style="display: inline;" class=""><br class="">
</span><a href="http://www.uni.lu/lcsb" style="color: rgb(0, 109, 189); display: inline;" class="">http://www.uni.lu/lcsb</a></p>
<p style="font-family: Arial, sans-serif; font-size: 14px; line-height: 16px;" class="">
<a href="https://www.facebook.com/trefex" style="display: inline;" class=""><img width="24" height="24" data-filename="facebook.png" src="https://s3.amazonaws.com/htmlsig-assets/rounded/facebook.png" alt="Facebook" class=""></a><span class="Apple-converted-space"> </span><span class="Apple-converted-space"> </span><a href="https://twitter.com/Trefex" style="display: inline;" class=""><img width="24" height="24" data-filename="twitter.png" src="https://s3.amazonaws.com/htmlsig-assets/rounded/twitter.png" alt="Twitter" class=""></a><span class="Apple-converted-space"> </span><span class="Apple-converted-space"> </span><a href="https://plus.google.com/+ChristopheTrefois/" style="display: inline;" class=""><img width="24" height="24" data-filename="googleplus.png" src="https://s3.amazonaws.com/htmlsig-assets/rounded/googleplus.png" alt="Google Plus" class=""></a><span class="Apple-converted-space"> </span><span class="Apple-converted-space"> </span><a href="https://www.linkedin.com/in/trefoischristophe" style="display: inline;" class=""><img width="24" height="24" data-filename="linkedin.png" src="https://s3.amazonaws.com/htmlsig-assets/rounded/linkedin.png" alt="Linkedin" class=""></a><span class="Apple-converted-space"> </span><span class="Apple-converted-space"> </span><a href="http://skype:Trefex?call" style="display: inline;" class=""><img width="24" height="24" data-filename="skype.png" src="https://s3.amazonaws.com/htmlsig-assets/rounded/skype.png" alt="skype" class=""></a></p>
<p class="banner-container" style="font-family: Arial, sans-serif; font-size: 14px; line-height: 16px;">
</p>
<p style="font-family: Arial, sans-serif; color: rgb(61, 59, 59); font-size: 9px; line-height: 16px;" class="">
----<br class="">
This message is confidential and may contain privileged information.<span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
It is intended for the named recipient only.<span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
If you receive it in error please notify me and permanently delete the original message and any copies.<span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
----<br class="">
</p>
 <span class="Apple-converted-space"> </span></div>
</div>
<br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On 07 Jan 2016, at 16:46, William Moore <<a href="mailto:will@lifesci.dundee.ac.uk" class="">will@lifesci.dundee.ac.uk</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class=""><base href="x-msg://88/" class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; " class="">
Hi Michael & Christophe,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""> I thought Christophe was trying to get ALL tags (not tags on an Image etc).</div>
<div class="">From what I can see, the metadata service gives you tags attached to objects?</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Christophe, perhaps you can clarify what criteria you want to load Tags by?</div>
<div class="">Just get ALL tags in the system? Belonging to a particular user? With a particular namespace or value?</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">  Cheers,</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">  Will.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div class="">On 7 Jan 2016, at 15:10, "Michael Porter (Staff)" <<a href="mailto:m.porter@dundee.ac.uk" class="">m.porter@dundee.ac.uk</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite" class="">
<div lang="EN-GB" link="blue" vlink="purple" style="font-family: Helvetica; font-size: inherit; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; ">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; " class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); " class="">Hi Christophe<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; " class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); " class=""> </span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; " class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); " class="">I’m not 100% sure, since I’ve never used it for this, but if you want to get a tags in a user/system centric way rather than an image-centric way, you need to
 get the metadataService from the session object (<a href="http://www.openmicroscopy.org/site/support/omero5.2/developers/Modules/Api.html" style="color: purple; text-decoration: underline; " class="">http://www.openmicroscopy.org/site/support/omero5.2/developers/Modules/Api.html</a><span class="Apple-converted-space"> </span>)
 . I think from here you can use the loadAnnotations method (<a href="http://downloads.openmicroscopy.org/omero/5.2.1/api/ome/api/IMetadata.html#loadAnnotations-java.lang.Class-java.util.Set-java.util.Set-java.util.Set-ome.parameters.Parameters-" style="color: purple; text-decoration: underline; " class="">http://downloads.openmicroscopy.org/omero/5.2.1/api/ome/api/IMetadata.html#loadAnnotations-java.lang.Class-java.util.Set-java.util.Set-java.util.Set-ome.parameters.Parameters-</a>)<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; " class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); " class=""> </span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; " class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); " class="">Michael.<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; " class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); " class=""> </span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; " class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); " class=""> </span></div>
<div class="">
<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0cm 0cm; " class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; " class="">
<b class=""><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; " class="">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; " class=""><span class="Apple-converted-space"> </span>ome-devel
 [mailto:ome-<a href="mailto:devel-bounces@lists.openmicroscopy.org.uk" style="color: purple; text-decoration: underline; " class="">devel-bounces@lists.openmicroscopy.org.uk</a>]<span class="Apple-converted-space"> </span><b class="">On Behalf Of<span class="Apple-converted-space"> </span></b>Christophe
 TREFOIS<br class="">
<b class="">Sent:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>07 January 2016 13:38<br class="">
<b class="">To:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>OME External Developer List <<a href="mailto:ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk" style="color: purple; text-decoration: underline; " class="">ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk</a>><br class="">
<b class="">Subject:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>[ome-devel] Get list of Tags in Matlab<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; " class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; " class="">
Hi all,<o:p class=""></o:p></div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; " class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; " class="">
I have been trying to get a list of all tags using MATLAB and OMERO 5, and I’m sort of struggling.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; " class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; " class="">
I saw that Will posted some code for Python on the mailing a while back, but those functions are not available in Matlab.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; " class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; " class="">
Does anybody have any pointers how to do this without looping over all images?<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; " class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; " class="">
Kind regards,<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; " class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; " class="">
—<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; " class="">
Christophe<o:p class=""></o:p></div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; line-height: 12pt; " class="">
<b class=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial, sans-serif; color: rgb(61, 59, 59); " class="">Dr Christophe Trefois, Dipl.-Ing.</span></b><span class="apple-converted-space"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial, sans-serif; color: rgb(33, 33, 33); " class="">  </span></span><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial, sans-serif; color: rgb(33, 33, 33); " class=""><br class="">
</span><span style="font-size: 7.5pt; font-family: Arial, sans-serif; color: rgb(61, 59, 59); " class="">Technical Specialist / Post-Doc</span><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial, sans-serif; color: rgb(33, 33, 33); " class=""><o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; line-height: 12pt; " class="">
<b class=""><span style="font-size: 7.5pt; font-family: Arial, sans-serif; color: rgb(61, 59, 59); " class="">UNIVERSITÉ DU LUXEMBOURG</span></b><span style="font-size: 7.5pt; font-family: Arial, sans-serif; " class=""><br class="">
<br class="">
</span><b class=""><span style="font-size: 7.5pt; font-family: Arial, sans-serif; color: rgb(61, 59, 59); " class="">LUXEMBOURG CENTRE FOR SYSTEMS BIOMEDICINE</span></b><span style="font-size: 7.5pt; font-family: Arial, sans-serif; " class=""><br class="">
</span><span style="font-size: 7.5pt; font-family: Arial, sans-serif; color: rgb(61, 59, 59); " class="">Campus Belval | House of Biomedicine<span class="apple-converted-space">  </span><br class="">
<span class="apple-converted-space">6, avenue du Swing </span><br class="">
L-4367 Belvaux<span class="apple-converted-space">  </span></span><span style="font-size: 7.5pt; font-family: Arial, sans-serif; " class=""><br class="">
</span><span style="font-size: 7.5pt; font-family: Arial, sans-serif; color: rgb(61, 59, 59); " class="">T:<span class="apple-converted-space"> </span>+352 46 66 44 6124</span><span class="apple-converted-space"><span style="font-size: 7.5pt; font-family: Arial, sans-serif; " class=""> </span></span><span style="font-size: 7.5pt; font-family: Arial, sans-serif; " class=""><br class="">
</span><span style="font-size: 7.5pt; font-family: Arial, sans-serif; color: rgb(61, 59, 59); " class="">F:<span class="apple-converted-space"> </span>+352 46 66 44 6949</span><span class="apple-converted-space"><span style="font-size: 7.5pt; font-family: Arial, sans-serif; " class="">  </span></span><span style="font-size: 7.5pt; font-family: Arial, sans-serif; " class=""><br class="">
<a href="http://www.uni.lu/lcsb" style="color: purple; text-decoration: underline; " class=""><span style="color: rgb(0, 109, 189); " class="">http://www.uni.lu/lcsb</span></a><o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; line-height: 12pt; " class="">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Arial, sans-serif; " class=""><a href="https://www.facebook.com/trefex" style="color: purple; text-decoration: underline; " class=""><span style="border: 1pt solid windowtext; padding: 0cm; text-decoration: none; " class="">
<object border="0" width="24" height="24" id="_x0000_i1025" alt="Image removed by sender. Facebook" data="cid:image001.jpg@01D1495C.BB8A0AA0" type="application/x-apple-msg-attachment" class="">
</object></span></a><span class="apple-converted-space">  </span><a href="https://twitter.com/Trefex" style="color: purple; text-decoration: underline; " class=""><span style="border: 1pt solid windowtext; padding: 0cm; text-decoration: none; " class="">
<object border="0" width="24" height="24" id="_x0000_i1026" alt="Image removed by sender. Twitter" data="cid:image001.jpg@01D1495C.BB8A0AA0" type="application/x-apple-msg-attachment" class="">
</object></span></a><span class="apple-converted-space">  </span><a href="https://plus.google.com/+ChristopheTrefois/" style="color: purple; text-decoration: underline; " class=""><span style="border: 1pt solid windowtext; padding: 0cm; text-decoration: none; " class="">
<object border="0" width="24" height="24" id="_x0000_i1027" alt="Image removed by sender. Google Plus" data="cid:image001.jpg@01D1495C.BB8A0AA0" type="application/x-apple-msg-attachment" class="">
</object></span></a><span class="apple-converted-space">  </span><a href="https://www.linkedin.com/in/trefoischristophe" style="color: purple; text-decoration: underline; " class=""><span style="border: 1pt solid windowtext; padding: 0cm; text-decoration: none; " class="">
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<span style="font-size: 10pt; " class="">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span><span class="Apple-converted-space"> </span><span class=""><~WRD000.jpg></span>_______________________________________________<br class="">
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