
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">

</head>

<body>

<div dir="ltr">

<div>

<div>

<div>Hi Andrii<br>

<br>

</div>

Presumably /homes/andrii is an NFS directory? We've had problems with file locking on network filesystems so we strongly recommend against using it, particularly for your main server directory.<br>

<br>

</div>

Several people have successfully used NFS for their OMERO repository, but in general they've had to use custom NFS settings to get it to work.<br>

<br>

</div>

Simon<br>

<div><br>

</div>

</div>

<div class="gmail_extra"><br>

<div class="gmail_quote">On 13 November 2015 at 13:33, Andrii Iudin <span dir="ltr">

<<a href="mailto:andrii@ebi.ac.uk" target="_blank">andrii@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

Dear OMERO developers,<br>

<br>

I am running OMERO 5.2 on Linux and am getting the following error<br>

message when doing bin/omero web start:<br>

<br>

ERROR:omero.util.TempFileManager:rmtree error:<br>

rmdir('/homes/andrii/omero/tmp/omero_andrii/21187') => [Errno 39]<br>

Directory not empty: '/homes/andrii/omero/tmp/omero_andrii/21187'<br>

<br>

The content of 21187 directory is a .nfs file that seems to be created<br>

when the original file is removed but is still being accessed by a<br>

process. The .nfs file is removed when bin/omero web stop is performed,<br>

but the directory remains.<br>

<br>

This does not affect the work of OMERO, however it creates empty<br>

directories in /homes/andrii/omero/tmp/omero_andrii/ which can slow down<br>

the system unless handled. A similar issue is mentioned here:<br>

<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/pipermail/ome-devel/2014-September/002990.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/pipermail/ome-devel/2014-September/002990.html</a><br>

<br>

Permissions and ownership on such directories are the same as the rest,<br>

however the Apache server is running under a different user. Can this be<br>

the cause of this problem as it is mentioned here:<br>

<a href="https://www.openmicroscopy.org/community/viewtopic.php?f=5&t=386#p1064" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.openmicroscopy.org/community/viewtopic.php?f=5&t=386#p1064</a><br>

?<br>

<br>

If so, is there any other solution except running the Apache server and<br>

OMERO as the same user or setting a script to regularly remove empty<br>

folders in tmp?<br>

<br>

Thank you and best regards,<br>

Andrii<br>

_______________________________________________<br>

ome-devel mailing list<br>

<a href="mailto:ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>

<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-devel" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-devel</a><br>

<br>

The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096<br>

</blockquote>

</div>

<br>

</div>

<br>

<span style="font-size:10pt;">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>

</body>

</html>