<div dir="ltr"><div>Hi Ian<br><br></div>I should stress that although these comments are a bit negative I mean them only in a constructive fashion, and I am completely happy to be contradicted!<br><div><div><br><div>There
 are already a couple of rendering tools available - mainly PALMsiever 
(which I helped develop, open source), ThunderSTORM (open-source) and VisP (closed source). Being academic software, all of them are a bit buggy, and slowly updated, but essentially, the rendering bit is a (largely) solved problem, software wise. And regards the bugs/ missing features - I would suggest rather than develop new software, just ask for commit rights on PALMsiever or ThunderSTORM - they are both on GitHub!<br><br>The  common localization format is on the other hand still an unsolved problem.The nicest point to my mind about focussing just on this aspect is that it's a small(-ish), well defined problem, which it would be quite useful to solve. <br></div><div></div><div><br><div>Best wishes<br></div>Seamus<br>

<p class="MsoNormal"><a name="_MailAutoSig"><span style="color:#1f497d">Dr Seamus Holden</span></a></p>

<p class="MsoNormal"><span style="mso-bookmark:_MailAutoSig"><span style="color:#1f497d">University Research Fellow</span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="mso-bookmark:_MailAutoSig"><span style="color:#1f497d"> </span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="mso-bookmark:_MailAutoSig"><span style="color:#1f497d">Centre for Bacterial Cell Biology</span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="mso-bookmark:_MailAutoSig"><span style="color:#1f497d">Baddiley-Clark Building</span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="mso-bookmark:_MailAutoSig"><span style="color:#1f497d">Newcastle University</span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="mso-bookmark:_MailAutoSig"><span style="color:#1f497d">Richardson Road</span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="mso-bookmark:_MailAutoSig"><span style="color:#1f497d">Newcastle upon Tyne</span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="mso-bookmark:_MailAutoSig"><span style="color:#1f497d">NE2 4AX, United Kingdom</span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="mso-bookmark:_MailAutoSig"><span style="color:#1f497d"> </span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="mso-bookmark:_MailAutoSig"><span style="color:#1f497d">Phone: +44 (0)191 208 3230</span></span></p>

<br></div><div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Mon, 24 Aug 2015 at 10:09 Munro, Ian <<a href="mailto:i.munro@imperial.ac.uk">i.munro@imperial.ac.uk</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello All<br>
<br>
Does anyone have any comments on Kwasi’s document?.<br>
Based on his thoughts  I’ve started looking at developing an open-source OMERO-capable<br>
reconstruction/rendering tool, although not full-time I fear, so progress is slow.<br>
<br>
If anyone has any thoughts it would be good to hear them at this early stage.<br>
<br>
Thanks<br>
<br>
Ian Munro<br>
<br>
Photonics Department<br>
Imperial College, London.<br>
<br>
On 7 Aug 2015, at 13:43, Kwasi Amoako Kwakwa <<a href="mailto:k.kwakwa@imperial.ac.uk" target="_blank">k.kwakwa@imperial.ac.uk</a>> wrote:<br>
<br>
> Hello All,<br>
><br>
> I am a postdoc in Paul French's group at Imperial working on<br>
> STORM/localization microscopy. I've been talking to Ian Munro a lot trying to<br>
> hash out what I think are the outstanding problems with storing and viewing<br>
> localization data and I thought it might be a good idea to share what I have<br>
> so far and see if people agree and if you have any suggestions or things to<br>
> add.<br>
><br>
> Thanks,<br>
> Kwasi Kwakwa<br>
><br>
><br>
> --<br>
> Kwasi A. Kwakwa<br>
> Research Associate, Photonics Department<br>
> Imperial College London<Localization Microscopy Issues.docx>_______________________________________________<br>
> ome-devel mailing list<br>
> <a href="mailto:ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
> <a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-devel" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-devel</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
ome-devel mailing list<br>
<a href="mailto:ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-devel" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-devel</a><br>
</blockquote></div></div></div></div></div>