<div dir="ltr">Hi Mario,<div><br></div><div>> <span style="font-size:12.8000001907349px">something you could try as a workaround is setting the PermSize</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div>In addition to Sebastien's comments, note also that Java 8 should no longer have this issue, as it works completely differently:</div><div><br></div><div>    <a href="http://stackoverflow.com/a/22509753/1207769">http://stackoverflow.com/a/22509753/1207769</a></div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Curtis</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 28, 2015 at 2:53 PM, Sebastien Besson <span dir="ltr"><<a href="mailto:seb.besson@gmail.com" target="_blank">seb.besson@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Mario,<br>
<span class=""><br>
> On 28 Apr 2015, at 19:32, Mario Emmenlauer <<a href="mailto:mario@emmenlauer.de">mario@emmenlauer.de</a>> wrote:<br>
><br>
><br>
> Dear Bio-Formats developers,<br>
><br>
> Thumbs up for the new release! However, I have a small problem using<br>
> the new Bio-Formats 5.1.1 in Matlab R2014a. After reading a few images,<br>
> I get the following error:<br>
><br>
> Java exception occurred:<br>
> java.lang.OutOfMemoryError: PermGen space<br>
>        at java.lang.ClassLoader.defineClass1(Native Method)<br>
>        at java.lang.ClassLoader.defineClass(Unknown Source)<br>
>        at java.security.SecureClassLoader.defineClass(Unknown Source)<br>
>        at java.net.URLClassLoader.defineClass(Unknown Source)<br>
>        at java.net.URLClassLoader.access$100(Unknown Source)<br>
>        at java.net.URLClassLoader$1.run(Unknown Source)<br>
>        at java.net.URLClassLoader$1.run(Unknown Source)<br>
>        at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)<br>
>        at java.net.URLClassLoader.findClass(Unknown Source)<br>
</span>> […]<br>
<br>
PermGen space has to do with loading the Java classes. More than the image, the<br>
code you are running might give us some clues for this issue. In particular are you<br>
using other Java components like MATLAB graphical interfaces? How many images<br>
are you loading before running into this issue?<br>
<span class=""><br>
> I don't know if its related to the JPEG2000 image I'm trying to read,<br>
> let me know if I should send in the file? I have bin/glnxa64/java.opts<br>
> created with -Xmx512m as advised in the docs.<br>
<br>
</span>-Xmx512m will set the Java heap size and should address other MATLAB errors that<br>
look like:<br>
<br>
java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space<br>
<br>
For this error, something you could try as a workaround is setting the PermSize as<br>
well in the same java.opts file, e.g. adding a line like<br>
<br>
-XX:PermSize=512m<br>
<br>
Let us know if this solves your problem,<br>
Sebastien<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">><br>
> Cheers,<br>
><br>
>    Mario<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> Mario Emmenlauer BioDataAnalysis             Mobil: <a href="tel:%2B49-%280%29151-68108489" value="+4915168108489">+49-(0)151-68108489</a><br>
> Balanstrasse 43                    mailto: mario.emmenlauer * <a href="http://unibas.ch" target="_blank">unibas.ch</a><br>
> D-81669 München                          <a href="http://www.biodataanalysis.de/" target="_blank">http://www.biodataanalysis.de/</a><br>
> _______________________________________________<br>
> ome-users mailing list<br>
> <a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
> <a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>