<div dir="ltr"><div>Hi Hadrien,</div><div><br></div><div><div>> Are you sure your BF version in Fiji is 5.0 and not 5.1 ? Version</div><div>> provided by BF update site is 5.0.6-DEV.</div></div><div><br></div>5.0.6-DEV, 2fdc56c, built 2015-Jan-22.<div><br></div><div><div>run("Bio-Formats Importer", "open=/Users/curtis/Desktop/test.ome.tif autoscale color_mode=Default view=Hyperstack stack_order=XYCZT");</div><div>run("Bio-Formats Exporter", "save=/Users/curtis/Desktop/bf-exporter.ome.tif compression=Uncompressed");</div></div><div><br></div><div>Both test and bf-exporter files are 28MB.</div><div><br></div><div>OS X 10.10.1, Java 1.6.0_65 [64-bit]</div><div><br></div><div>Maybe try dumping the output file using tiffdump (part of the libtiff CLI) to see what's bloating the file so much?</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Curtis</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jan 27, 2015 at 3:17 PM, Hadrien Mary <span dir="ltr"><<a href="mailto:hadrien.mary@gmail.com" target="_blank">hadrien.mary@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Thank you both for the answer.<br>
<br>
It's weird because the filesize is correct if I use bfconvert (coming<br>
from OME 5.1.0-m1, 3 October 2014). But I just reinstalled Fiji and<br>
enable BF update site but I still have an oversized file using BF<br>
exporter... I didn't check any options when exporting (single file and<br>
uncompressed).<br>
<br>
Are you sure your BF version in Fiji is 5.0 and not 5.1 ? Version<br>
provided by BF update site is 5.0.6-DEV.<br>
<span><br>
--<br>
Hadrien Mary<br>
<br>
Ph.D student in Biology<br>
Tournier-Gachet Team<br>
CNRS - LBCMCP - UMR 5088<br>
<br>
Université de Toulouse - Bât. 4R3B1<br>
118, route de Narbonne - 31062 Toulouse<br>
<br>
<br>
</span><div><div>On Tue, Jan 27, 2015 at 3:01 PM, Curtis Rueden <<a href="mailto:ctrueden@wisc.edu" target="_blank">ctrueden@wisc.edu</a>> wrote:<br>
> Hi Hadrien,<br>
><br>
>> I use BF exporter to save it, the created file is exactly the same<br>
>> (dimensions and OME XML string) but the size is really huge (654.8MB).<br>
><br>
> I cannot reproduce this problem with the latest version of Bio-Formats from<br>
> the Bio-Formats update site.<br>
><br>
> I tried saving your file using the Bio-Formats Exporter, as well as<br>
> "converting" it to another OME-TIFF using the bfconvert command line tool.<br>
> Here are my results:<br>
><br>
> 29592020 test.ome.tif<br>
> 29560221 bf-exporter.ome.tif<br>
> 29558724 bfconvert.ome.tif<br>
><br>
> The bfconvert used was a 2014-Dec-5 build of the develop branch. The<br>
> Bio-Formats version in ImageJ was updated from the BF update site within the<br>
> past few days.<br>
><br>
> Is your installation fully up to date? Which options did you have checked<br>
> when exporting? Etc.<br>
><br>
> Regards,<br>
> Curtis<br>
><br>
> On Tue, Jan 27, 2015 at 10:56 AM, Hadrien Mary <<a href="mailto:hadrien.mary@gmail.com" target="_blank">hadrien.mary@gmail.com</a>><br>
> wrote:<br>
>><br>
>> Hi,<br>
>><br>
>> I have an OME TIFF file (generated by Micro-Manager). It's original<br>
>> size is 29.6MB. Now if I use BF exporter to save it, the created file<br>
>> is exactly the same (dimensions and OME XML string) but the size is<br>
>> really huge (654.8MB).<br>
>><br>
>> The file can be found here:<br>
>><br>
>> <a href="https://arwen.hadim.fr/public.php?service=files&t=80e1586f55c8795c0c1c86e96aac7281" target="_blank">https://arwen.hadim.fr/public.php?service=files&t=80e1586f55c8795c0c1c86e96aac7281</a><br>
>><br>
>> This issue happens with other files as well.<br>
>><br>
>> Thanks<br>
>><br>
>> --<br>
>> Hadrien Mary<br>
>><br>
>> Ph.D student in Biology<br>
>> Tournier-Gachet Team<br>
>> CNRS - LBCMCP - UMR 5088<br>
>><br>
>> Université de Toulouse - Bât. 4R3B1<br>
>> 118, route de Narbonne - 31062 Toulouse<br>
>> _______________________________________________<br>
>> ome-devel mailing list<br>
>> <a href="mailto:ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
>> <a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-devel" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-devel</a><br>
><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> ome-devel mailing list<br>
> <a href="mailto:ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
> <a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-devel" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-devel</a><br>
><br>
_______________________________________________<br>
ome-devel mailing list<br>
<a href="mailto:ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-devel" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-devel</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div></div>