<div dir="ltr">Hi Jered,<div><br></div><div><div>> I tried using the bf package, and I am able to get the meta data I</div><div>> need. However, I have some questions. First, how do I suppress the</div><div>> command window output generated by the log function? I just want to</div><div>> use the function to peel off the metadata without displaying the log</div><div>> which seems to be activated by line 111 of bfopen.m. Second, is there</div><div>> any way to "trim down" the size of the nearly 16 MB jar function so</div><div>> that the software can be ported easier? </div></div><div><br></div><div>Good questions. I am CCing the ome-devel mailing list, since the OME lists are the best place for these sorts of Bio-Formats questions.</div><div><br></div><div>Regarding the logging, did you try changing the "INFO" level to "WARN" or "ERROR"?</div><div><br></div><div>For trimming the package, you can certainly create your own Bio-Formats bundle without support for all 130 file formats. A tool like ProGuard [1] could help with that, though you would need to learn a bit about how Java packaging works.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Curtis</div><div><br></div><div>[1] <a href="http://proguard.sourceforge.net/">http://proguard.sourceforge.net/</a></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jan 8, 2015 at 4:20 PM, Jered Wells <span dir="ltr"><<a href="mailto:jered.wells@gmail.com" target="_blank">jered.wells@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Curtis:<div><br></div><div>I tried using the bf package, and I am able to get the meta data I need. However, I have some questions. First, how do I suppress the command window output generated by the log function? I just want to use the function to peel off the metadata without displaying the log which seems to be activated by line 111 of bfopen.m. Second, is there any way to "trim down" the size of the nearly 16 MB jar function so that the software can be ported easier? This is less important, but the bioformats_package.jar file seems a bit bloated. Thanks for your help.</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div><div dir="ltr">--<div>Jered Wells</div></div></div></div><div><div class="h5">
<br><div class="gmail_quote">On Thu, Jan 8, 2015 at 4:13 PM, Curtis Rueden <span dir="ltr"><<a href="mailto:ctrueden@wisc.edu" target="_blank">ctrueden@wisc.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Jered,<div><br></div><div><div>> I am trying to call Fiji's DICOM header reader from the MATLAB command</div><div>> line.</div></div><div><br></div><div>Another option that might work for you would be to read your DICOM files using the Bio-Formats library from within MATLAB:</div><div><br></div><div><a href="http://openmicroscopy.org/info/bio-formats/developers/matlab-dev.html" target="_blank">http://openmicroscopy.org/info/bio-formats/developers/matlab-dev.html</a><br></div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Curtis</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jan 8, 2015 at 11:19 AM, Jered Wells <span dir="ltr"><<a href="mailto:jered.wells@gmail.com" target="_blank">jered.wells@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">OK, I've got a bit of a hacky solution, but would appreciate some additional help. I can run the following with MIJ, miji, and ImageJ libraries available:<div><br></div><div><div>javaaddpath 'mij.jar'</div><div>javaaddpath 'ij.jar'</div><div><br></div><div>Miji(false)</div><div><br></div><div>MIJ.run('Open...', 'path=[C:\\Users\\Admin\\Image.dcm]');</div><div>MIJ.run('Show Info...', 'path=[C:\\Users\\Admin\\Image.dcm]');</div><div><br></div><div>This produces all of the DICOM info, but requires the image and info text to be displayed. I want to run this on a server without display  capabilities, and I am still having problems actually getting the data into MATLAB. I have tried to produce a macro by using the record function, but I am having a hard time calling it from MATLAB. Thank you for your help!</div><div><div><div><br></div><br>On Thursday, January 8, 2015 9:59:25 AM UTC-5, Jered Wells wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi. I am MATLAB savvy, but java illiterate, so my question likely has a simple answer. I am trying to call Fiji's DICOM header reader from the MATLAB command line. I've tried using MIJ and Miji, but I am stuck trying to properly construct the syntax. I cannot use MATLAB's dicominfo function because there is a problem with MATLAB's dicom parse mex which corrupts the data I'm trying to get. I just need a little guidance on constructing the proper syntax and/or macros for getting DICOM header data using Fiji from the MATLAB command line. Thank you very much!</div></blockquote></div></div></div></div><span><font color="#888888"><div><div>

<p></p>

-- <br>
-- <br>
Please avoid top-posting, and please make sure to reply-to-all!<br>
 <br>
Mailing list web interface: <a href="http://groups.google.com/group/fiji-devel" target="_blank">http://groups.google.com/group/fiji-devel</a><br>
<br>
--- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "Fiji-devel" group.<br>
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:fiji-devel+unsubscribe@googlegroups.com" target="_blank">fiji-devel+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br>
For more options, visit <a href="https://groups.google.com/d/optout" target="_blank">https://groups.google.com/d/optout</a>.<br>
</div></div></font></span></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br></div></div></div>
</blockquote></div><br></div>