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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">No I don’t get anything like that with my example.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">File is uploaded normally to Omero and while there, showing presumed attributes etc.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Best,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Y.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> ome-devel [mailto:ome-devel-bounces@lists.openmicroscopy.org.uk]
<b>On Behalf Of </b>Munro, Ian<br>
<b>Sent:</b> 29 October 2014 14:26<br>
<b>To:</b> OME OME-devel<br>
<b>Subject:</b> Re: [ome-devel] OME-Tiff writing using LOCI calls from MATLAB, and ModuloAlongT annotation<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">Hi All<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal">I’m just in the process of checking this to ensure that the data that is read back is the same both with and without this modification.
<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">If I run the command line 'showinf tool 'on the smaller files produced with the suggested ifd mod then I get the following in the output:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Reading pixel data (0-2)<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Reading IFDs<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Populating metadata<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Error untangling IFDs; the OME-TIFF file may be malformed.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Error untangling IFDs; the OME-TIFF file may be malformed.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Read 3/3 planes (100%)<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">[done]<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Is anyone else seeing this. I may have implemented the ifd mod incorrectly?<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Regards<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Ian <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On 29 Oct 2014, at 12:44, Alexandrov, Yuriy <<a href="mailto:y.alexandrov@imperial.ac.uk">y.alexandrov@imperial.ac.uk</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Hi All,</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I checked how Sebastien’s method works on my (Win 7) machine – for my example 5 frame OPT data, it provides slightly smaller files (18M vs 20M) and works a
bit faster (0.22 vs 0.34 s/frame). Frame is 1191x2559 uint16.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Initialized and used exactly as Sebastien suggests -</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New""> ifd = loci.formats.tiff.IFD();</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New""> ifd.putIFDValue(ifd.ROWS_PER_STRIP,sizeY);</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New""> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"">%% inside loop by “index”</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"">…</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"">writer.getWriter(ometiffilename).saveBytes(index-1, getBytes(I), ifd);</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"">…</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">So I switched to this method.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Best,</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Y.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span class="apple-converted-space"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> </span></span><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">ome-devel
[<a href="mailto:ome-devel-bounces@lists.openmicroscopy.org.uk">mailto:ome-devel-bounces@lists.openmicroscopy.org.uk</a>]<span class="apple-converted-space"> </span><b>On Behalf Of<span class="apple-converted-space"> </span></b>Yellen, Gary<br>
<b>Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>28 October 2014 19:33<br>
<b>To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Besson, Sebastien (forwarding)<br>
<b>Cc:</b><span class="apple-converted-space"> </span>OME-devel OME<br>
<b>Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Re: [ome-devel] OME-Tiff writing using LOCI calls from MATLAB, and ModuloAlongT annotation</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Hi Sebastien - Strange!</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I just re-ran it:</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">First writing data with the hybrid Bio-Formats / Tiff() code...</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Elapsed time is 1.324383 seconds.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Now writing data with all Bio-Formats code...</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Elapsed time is 5.011741 seconds.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">java.lang.Runtime.getRuntime.maxMemory = 492175360</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Windows 7 SP1 x64</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Intel Core i7-4770 (3.40GHz)</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">MATLAB R2014a (64-bit)</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I am getting a smaller filesize now with the Bio-Formats code: 1.57MB (might have had writer.close errors before that resulted in appending), but
it still take 4.7 to 5 seconds.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I wonder if it’s something related to the filesystem and file allocation/growth. My disk is only ~25% full, so shouldn’t be a big issue. I did
just try both tests to an empty scratch directory; both were faster but I still see the difference (1.20 vs. 4.38 sec).</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Also – the bioformats_package.jar is at the end of my static java path, right after all the MATLAB .jars. (see below at the bottom of the email.)
Could this be the issue?</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">gary</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span class="apple-converted-space"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> </span></span><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">Sebastien
Besson [<a href="mailto:s.besson@dundee.ac.uk"><span style="color:purple">mailto:s.besson@dundee.ac.uk</span></a>]<span class="apple-converted-space"> </span><br>
<b>Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Tuesday, October 28, 2014 3:16 PM<br>
<b>To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Yellen, Gary<br>
<b>Cc:</b><span class="apple-converted-space"> </span>OME-devel OME<br>
<b>Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Re: [ome-devel] OME-Tiff writing using LOCI calls from MATLAB, and ModuloAlongT annotation</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">HI Gary,</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">thanks for the heads up. Strangely, with the code you attached to your email which matches my</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">suggested changes, I have the following result:</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">>> gyTestScript</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">First writing data with the hybrid Bio-Formats / Tiff() code...</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Elapsed time is 2.321489 seconds.</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Now writing data with all Bio-Formats code...</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Elapsed time is 2.448038 seconds.</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">and both generated OME TIFFs are about 1.5-1.6MB.</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Which version of MATLAB and which OS/architecture are you using?</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Best,</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Sebastien</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">On 28 Oct 2014, at 17:27, Yellen, Gary <<a href="mailto:gary_yellen@hms.harvard.edu"><span style="color:purple">gary_yellen@hms.harvard.edu</span></a>> wrote:</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Thanks, Sebastien.</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I found that this made some improvement: The time is now 4.66 sec (vs. previous 70 sec and alternate 1.26 sec), and the filesize is slightly improved
(4.5 MB, vs previous 5.3 MB and alternate 1.65 MB).</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I’ve enclosed the modified code, which includes my interpretation of your suggested changes (I created the new IFD only once, and then set owriter=writer.getWriter(fname)).
Please let me know if this is not quite what you meant.</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Best,</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Gary</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span class="apple-converted-space"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> </span></span><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">Sebastien
Besson [</span><span lang="EN-US"><a href="mailto:s.besson@dundee.ac.uk"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:purple">mailto:s.besson@dundee.ac.uk</span></a></span><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">]<span class="apple-converted-space"> </span><br>
<b>Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Tuesday, October 28, 2014 12:25 PM<br>
<b>To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Yellen, Gary<br>
<b>Cc:</b><span class="apple-converted-space"> </span>OME-devel OME<br>
<b>Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Re: [ome-devel] OME-Tiff writing using LOCI calls from MATLAB, and ModuloAlongT annotation</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Hi Gary,</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">thanks for sending the code and some test data. After some debugging and with Melissa's input,</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">the major difference between the whole Bio-Formats version and thelibTiff version is the following</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">option:</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">tagstruct.RowsPerStrip = szY;</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">If writing using Bio-Formats, a workaround is to construct a loci.formats.tiff.IFD object with the</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">RowsPerStrip equal to the desired value, i.e.</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">ifd = loci.formats.tiff.IFD();</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">ifd.putIFDValue(ifd.ROWS_PER_STRIP, szY);</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">This object can then be passed to TiffWriter.saveBytes():</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">1- either if you initialize an ImageWriter() using</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> writer.getWriter(fname).saveBytes(index, getBytes(plane(:)), ifd);</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">2- or if you directly initialize an OMETiffWriter() using</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> writer.saveBytes(index, getBytes(plane(:)), ifd);</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Locally adding this option brought your Bio-Formats code to similar levels of performance</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">in terms of file size and writing time. </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Could you try this and let us know?</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Sebastien</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div style="border:none;border-bottom:double windowtext 2.25pt;padding:0cm 0cm 1.0pt 0cm">
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><br>
STATIC JAVA PATH</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\patch </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\AnimatedTransitions.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\ant.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\ant-launcher.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\antlr.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\felix.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\scr.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\axis2\activation.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\axis2\axiom-api.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\axis2\axiom-impl.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\axis2\axis2-adb.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\axis2\axis2-kernel.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\axis2\axis2-transport-http.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\axis2\axis2-transport-local.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\axis2\commons-httpclient.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\axis2\geronimo-stax-api.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\axis2\httpcore.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\axis2\mail.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\axis2\neethi.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\axis2\wsdl4j.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\axis2\wstx-asl.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\axis2\XmlSchema.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\batik-anim.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\batik-extension.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\batik-dom.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\batik-transcoder.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\batik-awt-util.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\batik-bridge.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\batik-gvt.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\batik-css.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\batik-parser.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\batik-ext.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\batik-gui-util.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\batik-svggen.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\batik-codec.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\batik-svg-dom.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\batik-script.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\batik-util.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\batik-swing.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\batik-xml.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\bluecove-bluez.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\bluecove-emu.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\bluecove.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\chilkat\chilkat.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\commons-codec.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\commons-collections-generic.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\commons-collections.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\commons-compress.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\commons-io.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\commons-lang.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\commons-logging.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\commons-math.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\commons-net.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\dom4j.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\emma_ant.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\emma.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\fop.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\avalon-framework.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\foxtrot.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\glazedlists_java15.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\google-collect.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\guice\aopalliance.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\guice\guice.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\guice\guice-assistedinject.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\guice\javax.inject.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\distcomp\h2.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\ice\ice.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\ice\ib6core.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\ice\ib6extra.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\ice\ib6http.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\ice\ib6https.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\ice\ib6js.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\ice\ib6swing.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\ice\ib6util.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\ice\ib6xalan.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\ice\icessl.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\access-bridge.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\jaccess-1_4.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\jaxen.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\jdom.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\annotations.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\jgoodies-forms.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\jgoodies-looks.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\jide\jide-action.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\comp_utils_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\curvefit_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\distcomp_jar_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\fixedpoint_java_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\install_api_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\instrument_java_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\lmlogin_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\matlab_desktop_res.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\matlab_graphics_java_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\matlab_graphics_java_widgets_res.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\matlab_java_core_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\matlab_java_project_impl_res.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\matlab_java_widgets_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\mw_java_foundation_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\mw_java_help_ui_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\mw_java_html_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\optim_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\professional_activation_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\rptgen_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\rptgen_mlcomp_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\shared_dastudio_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\shared_hwconnectinstaller_common_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\shared_install_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\shared_rptgen_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\stats_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\student_activation_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\symbolic_editor_support_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\timeseries_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\webintegration_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ja_JP\web_connectivity_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ko_KR\activation_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ko_KR\install_api_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ko_KR\professional_activation_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ko_KR\shared_install_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ko_KR\student_activation_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ko_KR\web_connectivity_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\lmlogin.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\mde.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\hg.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ide.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\toolbox\matlab\guide.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\page.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\matlab.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\jmi.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\services.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\widgets.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\mlservices.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\timer.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\fatalexit.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\mvm.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\project\api.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\project\impl.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\mlwidgets.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\webservices\mcr_dws_client\mcr_dws_client.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\webservices\mwlic_client\mw-license-server-client.jar</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\util.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\common.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\mwswing.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\beans.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\mwt.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\xml.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\desktop.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\toolstrip.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\org\netbeans.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\org\openide.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\saxon.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\helpsearch.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\help\helpui.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\html.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\search.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\toolbox\optim.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\resources\parallel_res.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\toolbox\parallel\util.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\toolbox\parallel\pctutil.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\product.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\activationclient.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\deactivation.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\publishparser.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\toolbox\rptgen.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\toolbox\shared\controllib.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\toolbox\dastudio.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\toolbox\shared\hwconnectinstaller\util.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\toolbox\shared\hwconnectinstaller\common.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\instutil.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\toolbox\rptgencore.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\toolbox\testmeas.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\storage\provider.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\storage\filesystemadapter.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\activation.jar </span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\toolbox\symbolic.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\toolbox\timeseries.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\webintegration.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\mwaws_client.jar </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\webservices\service_request_client.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\webservices\dws_client.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\webservices\ws_client_core\mw-service-client-core.jar</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\webservices\ws_usagedata_client\usagedata-client.jar</span><o:p></o:p></p>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\zh_CN\activation_res.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\zh_CN\install_api_res.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\zh_CN\professional_activation_res.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\zh_CN\shared_install_res.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\zh_CN\student_activation_res.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\zh_CN\web_connectivity_res.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Users\Public\Documents\MATLAB\bioformats_package.jar </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> DYNAMIC JAVA PATH</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><span lang="EN-US"> <empty></span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"">_______________________________________________<br>
ome-devel mailing list<br>
<a href="mailto:ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-devel">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-devel</a><o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
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