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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Hi All,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I checked how Sebastien’s method works on my (Win 7) machine – for my example 5 frame OPT data, it provides slightly smaller files (18M vs 20M) and works a
bit faster (0.22 vs 0.34 s/frame). Frame is 1191x2559 uint16.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Initialized and used exactly as Sebastien suggests -<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black"> ifd = loci.formats.tiff.IFD();</span><span style="font-family:"Courier New""><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black"> ifd.putIFDValue(ifd.ROWS_PER_STRIP,sizeY);<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">%% inside loop by “index”<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">…</span><span style="font-family:"Courier New""><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">writer.getWriter(ometiffilename).saveBytes(index-1, getBytes(I), ifd);<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">…</span><span style="font-family:"Courier New""><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">So I switched to this method.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Best,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Y.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> ome-devel [mailto:ome-devel-bounces@lists.openmicroscopy.org.uk]
<b>On Behalf Of </b>Yellen, Gary<br>
<b>Sent:</b> 28 October 2014 19:33<br>
<b>To:</b> Besson, Sebastien (forwarding)<br>
<b>Cc:</b> OME-devel OME<br>
<b>Subject:</b> Re: [ome-devel] OME-Tiff writing using LOCI calls from MATLAB, and ModuloAlongT annotation<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Hi Sebastien - Strange!<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I just re-ran it:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">First writing data with the hybrid Bio-Formats / Tiff() code...<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Elapsed time is 1.324383 seconds.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Now writing data with all Bio-Formats code...<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Elapsed time is 5.011741 seconds.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">java.lang.Runtime.getRuntime.maxMemory = 492175360<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Windows 7 SP1 x64
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Intel Core i7-4770 (3.40GHz)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">MATLAB R2014a (64-bit)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I am getting a smaller filesize now with the Bio-Formats code: 1.57MB (might have had writer.close errors before that resulted in appending), but
it still take 4.7 to 5 seconds.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I wonder if it’s something related to the filesystem and file allocation/growth. My disk is only ~25% full, so shouldn’t be a big issue. I did
just try both tests to an empty scratch directory; both were faster but I still see the difference (1.20 vs. 4.38 sec).<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Also – the bioformats_package.jar is at the end of my static java path, right after all the MATLAB .jars. (see below at the bottom of the email.)
Could this be the issue?<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">gary<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> Sebastien Besson [<a href="mailto:s.besson@dundee.ac.uk">mailto:s.besson@dundee.ac.uk</a>]
<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, October 28, 2014 3:16 PM<br>
<b>To:</b> Yellen, Gary<br>
<b>Cc:</b> OME-devel OME<br>
<b>Subject:</b> Re: [ome-devel] OME-Tiff writing using LOCI calls from MATLAB, and ModuloAlongT annotation<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">HI Gary, <o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">thanks for the heads up. Strangely, with the code you attached to your email which matches my<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">suggested changes, I have the following result:<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">>> gyTestScript<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">First writing data with the hybrid Bio-Formats / Tiff() code...<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Elapsed time is 2.321489 seconds.<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Now writing data with all Bio-Formats code...<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Elapsed time is 2.448038 seconds.<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">and both generated OME TIFFs are about 1.5-1.6MB.<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Which version of MATLAB and which OS/architecture are you using?<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Best,<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Sebastien<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">On 28 Oct 2014, at 17:27, Yellen, Gary <<a href="mailto:gary_yellen@hms.harvard.edu">gary_yellen@hms.harvard.edu</a>> wrote:<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Thanks, Sebastien.</span><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I found that this made some improvement: The time is now 4.66 sec (vs. previous 70 sec and alternate 1.26 sec), and the filesize is slightly improved
(4.5 MB, vs previous 5.3 MB and alternate 1.65 MB).</span><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I’ve enclosed the modified code, which includes my interpretation of your suggested changes (I created the new IFD only once, and then set owriter=writer.getWriter(fname)).
Please let me know if this is not quite what you meant.</span><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Best,</span><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Gary</span><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span class="apple-converted-space"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> </span></span><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">Sebastien
Besson [</span><span lang="EN-US"><a href="mailto:s.besson@dundee.ac.uk"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">mailto:s.besson@dundee.ac.uk</span></a></span><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">]<span class="apple-converted-space"> </span><br>
<b>Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Tuesday, October 28, 2014 12:25 PM<br>
<b>To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Yellen, Gary<br>
<b>Cc:</b><span class="apple-converted-space"> </span>OME-devel OME<br>
<b>Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Re: [ome-devel] OME-Tiff writing using LOCI calls from MATLAB, and ModuloAlongT annotation</span><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Hi Gary,<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">thanks for sending the code and some test data. After some debugging and with Melissa's input,<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">the major difference between the whole Bio-Formats version and thelibTiff version is the following<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">option:<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">tagstruct.RowsPerStrip = szY;<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">If writing using Bio-Formats, a workaround is to construct a loci.formats.tiff.IFD object with the<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">RowsPerStrip equal to the desired value, i.e.<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">ifd = loci.formats.tiff.IFD();<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">ifd.putIFDValue(ifd.ROWS_PER_STRIP, szY);<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">This object can then be passed to TiffWriter.saveBytes():<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">1- either if you initialize an ImageWriter() using<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> writer.getWriter(fname).saveBytes(index, getBytes(plane(:)), ifd);<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">2- or if you directly initialize an OMETiffWriter() using<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> writer.saveBytes(index, getBytes(plane(:)), ifd);<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Locally adding this option brought your Bio-Formats code to similar levels of performance<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">in terms of file size and writing time. <o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Could you try this and let us know?<o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Sebastien<o:p></o:p></span></p>
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STATIC JAVA PATH<o:p></o:p></span></p>
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<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\lucene-analyzers-2.0.0.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\lucene-core-2.0.0.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\nekohtml.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\openxml4j.jar
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\RXTXcomm.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\saxon9-ant.jar <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\saxon9-dom.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\saxon9-dom4j.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\saxon9-jdom.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\saxon9-s9api.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\saxon9-sql.jar <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\saxon9-xom.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\saxon9-xpath.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\saxon9-xqj.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\saxon9.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\slf4j\slf4j-api.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\slf4j\slf4j-log4j12.jar
<o:p></o:p></span></p>
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<o:p></o:p></span></p>
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<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\svnkit\sqljet.jar
<o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\svnkit\trilead.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\svnkit\sequence.jar
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\tablelayout.jar
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\TimingFramework.jar
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\j2ee\jsp-api.jar <o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\webrenderer.jar
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<o:p></o:p></span></p>
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<o:p></o:p></span></p>
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<o:p></o:p></span></p>
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<o:p></o:p></span></p>
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<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\toolbox\curvefit.jar
<o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\toolbox\distcomp.jar
<o:p></o:p></span></p>
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<o:p></o:p></span></p>
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<o:p></o:p></span></p>
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<o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\toolbox\imaq.jar
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<o:p></o:p></span></p>
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<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ko_KR\web_connectivity_res.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\lmlogin.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\mde.jar <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\hg.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\ide.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\toolbox\matlab\guide.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\page.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\matlab.jar <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\jmi.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\services.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\widgets.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\mlservices.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\timer.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\fatalexit.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\mvm.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\project\api.jar <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\project\impl.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\mlwidgets.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\webservices\mcr_dws_client\mcr_dws_client.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\webservices\mwlic_client\mw-license-server-client.jar<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\util.jar <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\common.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\mwswing.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\beans.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\mwt.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\xml.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\desktop.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\toolstrip.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\org\netbeans.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\org\openide.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\saxon.jar <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\helpsearch.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\help\helpui.jar
<o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\toolbox\optim.jar <o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\toolbox\parallel\util.jar
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\toolbox\parallel\pctutil.jar
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\product.jar
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\activationclient.jar
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\vrd.jar
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\publishparser.jar <o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\toolbox\rptgen.jar
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\toolbox\rptgenxmlcomp.jar
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\toolbox\shared\controllib.jar
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\toolbox\shared\hwconnectinstaller\common.jar
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\instutil.jar
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\toolbox\rptgencore.jar
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\toolbox\testmeas.jar
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\toolbox\stats.jar
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\storage\gdsinmatlab.jar
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\storage\gds.jar <o:p></o:p></span></p>
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<o:p></o:p></span></p>
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<o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\webservices\service_request_client.jar
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\webservices\dws_client.jar
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\webservices\ws_client_core\mw-service-client-core.jar<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jarext\webservices\ws_usagedata_client\usagedata-client.jar
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\zh_CN\activation_res.jar <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Program Files\MATLAB\R2014a\java\jar\zh_CN\install_api_res.jar
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> C:\Users\Public\Documents\MATLAB\bioformats_package.jar
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> DYNAMIC JAVA PATH<o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><span lang="EN-US"> <empty><o:p></o:p></span></p>
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