<div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Oct 23, 2014 at 4:19 PM, Sebastien Besson <span dir="ltr"><<a href="mailto:s.besson@dundee.ac.uk" target="_blank">s.besson@dundee.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
Hi Lee,
<div><br>
</div>
<div>You are right that this method always return true irrespective of the file contents for a few</div>
<div>reader (like NPISReaderr). While seeking the adapted reader, isThisType(RandomAccessInputStream)</div>
<div>is really called as part of <span>isThisType</span><span>(</span><span>String</span> <span>name</span><span>,</span> <span>boolean</span> <span>open</span><span>)</span>.
 And these readers typically</div>
<div>correspond to file formats where we have no proper way to know whether the reader should be used</div>
<div>apart from the file extension.</div>
<div><br>
</div>
<div>Is there a reason not to call directly setId() which iterates through all readers. Catching a </div>
<div>loci.formats.UnknownFormatException exception would allow you to handle the case where no</div>
<div>suitable reader was found.</div></div></blockquote><div><br></div><div>There was a point in Bio-Formats development when it would reopen the file for every format it tried. I have some old code which calls isThisType with a single RandomAccessInputStream for every reader in the class list in order to keep from doing this. I've forgotten many of the details, but at one point, I believe it was necessary to do it this way to keep from stat'ing large directories (> 10K files) many times. </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">
<div><br>
</div>
<div>Best,</div>
<div>Sebastien</div>
<div><br>
<div>
<div>On 22 Oct 2014, at 16:53, Lee Kamentsky <<a href="mailto:leek@broadinstitute.org" target="_blank">leek@broadinstitute.org</a>> wrote:</div>
<br>
<blockquote type="cite">
<div dir="ltr">Hi all,
<div>I have some code that iterates through the Bio-Formats format readers, calling isThisType(RandomAccessInputStream) (as a last resort) to find a reader capable of reading a file format. The NDPISReader returns true irrespective of the file contents. Is
 this correct? How can I determine which readers are the indiscriminately omnivorous ones?</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks,</div>
<div>Lee</div>
</div>
_______________________________________________<br>
ome-devel mailing list<br>
<a href="mailto:ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-devel" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-devel</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
<br>
<br>
<div><span style="border-collapse:separate;color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><span style="border-collapse:separate;color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">
<div style="word-wrap:break-word">
<span style="border-collapse:separate;color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">
<div style="word-wrap:break-word">
<div>Dr Sébastien Besson</div>
<div>Open Microscopy Environment / Harvard Medical School</div>
<div>Wellcome Trust Centre for Gene Regulation and Expression,</div>
<div>College of Life Sciences, University of Dundee, Dow Street,</div>
<div>Dundee DD1 5EH Scotland UK   Tel: (01382) 386364</div>
</div>
</span></div>
</span></span></div>
<br>
<br>
<span style="font-size:10pt">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>
</div>

</blockquote></div><br></div></div>