<div dir="ltr">Hi Jean-Marie,<div><br></div><div><div>> we decided to rewrite in Java some Matlab code he already had, to</div><div>> convert ImageJ ROI into OMERO ROI. This is currently in a standalone</div><div>> class, solely for training purpose and should be pushed to the</div><div>> relevant components when ready.</div><div><br></div><div>This is great. Please let me know when and where that work gets pushed, and I'll be happy to take a look! One option would be to file it as PR of imagej-omero, which we can discuss/enhance/merge together.</div><div><br></div><div>Also note that Melissa wrote some code in Bio-Formats that translates between ImageJ and OME-XML ROIs. You can find it in the ROIHandler class:</div><div><br></div><div><a href="https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/v5.0.5/components/bio-formats-plugins/src/loci/plugins/util/ROIHandler.java" target="_blank">https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/v5.0.5/components/bio-formats-plugins/src/loci/plugins/util/ROIHandler.java</a><br></div><div><br></div><div>When combined with an OMEROMetadataStore, this should also allow reading and writing ROIs to/from OMERO.</div><div><div><br></div><div>I added some notes to <a href="https://github.com/imagej/imagej-omero/issues/2" target="_blank">https://github.com/imagej/imagej-omero/issues/2</a> documenting all of this.</div><div><br></div><div>> * User opens an image in Fiji/ImageJ, draw some ROI and import the</div><div>>   image and save roi into OMERO</div><div>> * User opens an image in Fiji/ImageJ,</div><div>>   already stored in OMERO and save/read some ROI from the server</div></div><div><br></div><div>Good idea. I was planning to do this as part of the ROIs work, but there was no issue filed for it. I have now filed one:</div><div><br></div><div><a href="https://github.com/imagej/imagej-omero/issues/49" target="_blank">https://github.com/imagej/imagej-omero/issues/49</a><br></div><div><br></div><div class="gmail_extra">Regards,</div><div class="gmail_extra">Curtis</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">P.S. I CCed ome-devel to keep the community in the loop about our progress.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Oct 2, 2014 at 7:12 AM, Jean-Marie Burel <span dir="ltr"><<a href="mailto:j.burel@dundee.ac.uk" target="_blank">j.burel@dundee.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word;color:rgb(0,0,0)">
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt"></p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt">Hi Curtis</p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt"><br>
</p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt">Thanks for the imagej-omero milestone updates.</p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt"></p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt">Graeme Ball whom you met in Paris has also organised some Fiji workshops in Dundee, so the local users base is growing.</p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt">In every place we have run workshops in recent months (e.g. in Dundee, Montpellier), the users are very interested to be able to run some of the ImageJ plugins server side.</p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt">Common workflow will be: Run a plugin on an image using ImageJ/Fiji as a Desktop application, then run the plugin server-side on a large number of images.</p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt">Being able to click on a button to analyse a dataset while leaving the lab, and check the result when they arrive a home is very attractive for many scientists</p>
<p></p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt"><br>
</p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt">Balaji is now learning some Java, so as part of his training we decided to rewrite in Java</p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt">some Matlab code he already had, to convert ImageJ ROI into OMERO ROI.</p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt">This is currently in a standalone class, solely for training purpose and should be pushed to </p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt">the relevant components when ready.</p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt">That work could potentially fit into one of your milestones. (<a href="https://github.com/imagej/imagej-omero/milestones/0.3.0" target="_blank">https://github.com/imagej/imagej-omero/milestones/0.3.0</a>)</p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt"><br>
</p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt">We were also considering using that work for 2 client-side workflows we would like to cover as ImageJ plugins:</p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt"> * User opens an image in Fiji/ImageJ, draw some ROI and import the image and save roi into OMERO</p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt"> * User opens an image in Fiji/ImageJ, already stored in OMERO and save/read some ROI from the server</p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt"> </p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt">This will complement the work that you are doing and satisfy the needs of the growing IJ user base here in Dundee.</p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt"><br>
</p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt">Let me know if you can think of other areas that could benefit the interaction between Imagej and OMERO.</p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt"><br>
</p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt">Cheers</p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt">Jmarie</p></div></div></blockquote><div><br></div></div></div></div></div>