<div dir="ltr">Success!<div><br></div><div>Thank you Josh.</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Oct 1, 2014 at 1:13 PM, Josh Moore <span dir="ltr"><<a href="mailto:josh@glencoesoftware.com" target="_blank">josh@glencoesoftware.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class=""><br>
On Oct 1, 2014, at 6:08 PM, Yanling Liu wrote:<br>
<br>
> Hi, it's me, again, :-)<br>
<br>
</span>Hi Yanling!<br>
<span class=""><br>
> Trying to do in place import to inject existing images into OMERO but failed.<br>
><br>
> Previously I created python script to invoke bin/omero to do import:<br>
><br>
> omeroBin = "/home/omero/omero/OMERO.server/bin/omero"<br>
> createImport = omeroBin + " import -d " + datasetId + " -u " + username + " --sudo root -w " + rootPWD + " -s localhost '" + path + "'"<br>
> subprocess.call(createImport, shell=True)<br>
><br>
> Essentially what I am doing is to import existing images for other users using the root account.<br>
><br>
> It works well till I try to use in place import. Based on omero documentation (<a href="https://www.openmicroscopy.org/site/support/omero5/sysadmins/in-place-import.html" target="_blank">https://www.openmicroscopy.org/site/support/omero5/sysadmins/in-place-import.html</a>), I modified my script to be like this:<br>
><br>
> createImport = omeroBin + " import -- --transfer=ln_s -d " + datasetId + " -u " + username + " --sudo root -w " + rootPWD + " -s localhost '" + path + "'"<br>
><br>
> The only difference is to add "-- --transfer=ln_s" in the command line string.<br>
<br>
</span>The "--" means "stop parsing the other arguments in Python". Unfortunately, "--sudo" is needed on the Python side of things. The following should work:<br>
<br>
createImport = omeroBin + " import -d " + datasetId + " -u " + username + " --sudo root -w " + rootPWD + " -s localhost -- --transfer=ln_s '" + path + "'"<br>
<br>
Cheers,<br>
~Josh.<br>
<span class=""><br>
> However, I got something like this:<br>
><br>
> 2014-10-01 12:59:46,180 177        [      main] INFO          ome.formats.importer.ImportConfig - OMERO Version: 5.0.3-ice34-b41<br>
> 2014-10-01 12:59:46,193 190        [      main] INFO          ome.formats.importer.ImportConfig - Bioformats version: 5.0.3-ice34-b41 revision: 5f987c0 date: 5 August 2014<br>
> 2014-10-01 12:59:46,198 195        [      main] INFO   formats.importer.cli.CommandLineImporter - Setting transfer to ln_s<br>
> importer-cli: unrecognized option '--sudo'<br>
><br>
><br>
> Any help?<br>
><br>
> Thanks,<br>
> Yanling<br>
</span>> _______________________________________________<br>
> ome-devel mailing list<br>
> <a href="mailto:ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
> <a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-devel" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-devel</a><br>
<br>
</blockquote></div><br></div>