<div dir="ltr">Hi all,<div>We're having a problem with the ZeissLSMReader (documented here: <a href="https://github.com/CellProfiler/CellProfiler/issues/1207">https://github.com/CellProfiler/CellProfiler/issues/1207</a>). It seems like the reader is reading two characters too many for the user's file when it reads the channel names. Here's some Python using the (imho so excellent) Python javabridge package and the 5.0.5 bioformats_package jar:</div><div><br></div><div><div><font face="courier new, monospace">import javabridge</font></div><div><font face="courier new, monospace">my_jar = r"c:\Users\leek\Downloads\bioformats_package_5.0.5.jar"</font></div></div><div><div style="font-family:'courier new',monospace">my_jars = javabridge.JARS + [my_jar]</div><div style="font-family:'courier new',monospace">javabridge.start_vm(class_path=my_jars)</div><div style="font-family:'courier new',monospace"><div>path = r"c:\Temp\output\issue1207\DAY3WT1B.LSM"</div><div>rdr = javabridge.JClassWrapper("loci.formats.in.ZeissLSMReader")()</div></div><div style="font-family:'courier new',monospace">metadata = javabridge.JClassWrapper("loci.formats.ome.OMEXMLMetadataImpl")()<br></div><div style="font-family:'courier new',monospace">rdr.setMetadataStore(metadata)<br></div><div style="font-family:'courier new',monospace">rdr.setId(path)<br></div><div style="font-family:'courier new',monospace">print metadata.getChannelName(0, 0)<br></div><div style="font-family:'courier new',monospace"><br></div><div><pre style="padding:0px;border-top-left-radius:0px;border-top-right-radius:0px;border-bottom-right-radius:0px;border-bottom-left-radius:0px;margin-top:0px;margin-bottom:0px;word-break:break-all;word-wrap:break-word;border:0px;vertical-align:baseline"><font face="arial, helvetica, sans-serif" style="color:rgb(0,0,0);font-size:14px;line-height:17.6033000946045px;white-space:pre-wrap">The output is "</font><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="font-size:14.4444446563721px;line-height:17.6033000946045px;white-space:pre-wrap">Ch2-T1��" - the last two characters are 0xfffd = garbage and that makes the XML parser throw an exception when it tries to output OME XML for the file (which is causing our problems).</span></font></pre><pre style="padding:0px;border-top-left-radius:0px;border-top-right-radius:0px;border-bottom-right-radius:0px;border-bottom-left-radius:0px;margin-top:0px;margin-bottom:0px;word-break:break-all;word-wrap:break-word;border:0px;vertical-align:baseline"><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="font-size:14.4444446563721px;line-height:17.6033000946045px;white-space:pre-wrap"><br></span></font></pre><pre style="padding:0px;border-top-left-radius:0px;border-top-right-radius:0px;border-bottom-right-radius:0px;border-bottom-left-radius:0px;margin-top:0px;margin-bottom:0px;word-break:break-all;word-wrap:break-word;border:0px;vertical-align:baseline"><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="font-size:14.4444446563721px;line-height:17.6033000946045px;white-space:pre-wrap">I am guessing that you have little control over the proprietary format and that decoding the channel names has been largely guesswork. I may take a look at this myself and see if I can find out how to read those names correctly.</span></font></pre><pre style="padding:0px;border-top-left-radius:0px;border-top-right-radius:0px;border-bottom-right-radius:0px;border-bottom-left-radius:0px;margin-top:0px;margin-bottom:0px;word-break:break-all;word-wrap:break-word;border:0px;vertical-align:baseline"><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="font-size:14.4444446563721px;line-height:17.6033000946045px;white-space:pre-wrap"><br></span></font></pre><pre style="padding:0px;border-top-left-radius:0px;border-top-right-radius:0px;border-bottom-right-radius:0px;border-bottom-left-radius:0px;margin-top:0px;margin-bottom:0px;word-break:break-all;word-wrap:break-word;border:0px;vertical-align:baseline"><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="font-size:14.4444446563721px;line-height:17.6033000946045px;white-space:pre-wrap">--Lee</span></font></pre></div></div></div>