<div dir="ltr">Hi everyone,<div><br></div><div>It&#39;s been awhile since my last email about ImageJ-OMERO [1], so here&#39;s a status report.</div><div><br></div><div>For those who don&#39;t know: the ImageJ-OMERO project <span style="font-size:13px;font-family:arial,sans-serif">seeks to provide access to </span><span class="" style="font-size:13px;font-family:arial,sans-serif;background:rgb(255,255,204)">ImageJ</span><span style="font-size:13px;font-family:arial,sans-serif"> algorithms from the </span><span class="" style="font-size:13px;font-family:arial,sans-serif;background:rgb(255,255,204)">OMERO</span><span style="font-size:13px;font-family:arial,sans-serif"> server side -- as well as to allow access to an </span><span class="" style="font-size:13px;font-family:arial,sans-serif;background:rgb(255,255,204)">OMERO</span><span style="font-size:13px;font-family:arial,sans-serif"> database from the </span><span class="" style="font-size:13px;font-family:arial,sans-serif;background:rgb(255,255,204)">ImageJ</span><span style="font-size:13px;font-family:arial,sans-serif"> application.</span></div><div><br></div><div>This summer saw a huge push to get ImageJ2 out the door and fully integrated into the Fiji distribution of ImageJ. There have been a lot of obstacles there, but the gist is that Fiji is now built on top of the ImageJ2 architecture, which expands the flexibility of ImageJ a great deal. In particular, it provides support for the SciJava module framework (a.k.a. parameterized inputs and outputs) such that ImageJ commands and scripts can be executed in a variety of contexts, including from OMERO on the server side. In June, we released ImageJ-OMERO version 0.1.0 (the first release version) to the OMERO-5.0 update site.</div><div><br></div><div>One crucial consequence of this work is that ImageJ 1.x data structures (e.g., ij.ImagePlus) can now be used as input parameters -- before this change, it was only possible to work with ImageJ2 data structures which are still in beta development phase.</div><div><br></div><div>This week, I fixed a critical problem in the ImageJ2 scripting infrastructure preventing both Jython and JRuby from working properly in the same installation [2]. I also have an initial fix for a bug which resulted in the ImageJ menus being displayed out of order within OMERO.web and OMERO.insight [3].</div><div><br></div><div>The next goal is to enable access to ImageJ 1.x plugins from OMERO by wrapping them in IJ2-style scripts [4]. But I need to do more testing with the latest version of ImageJ, since I expect some issues related to the fact that we had to disable some aspects of the ImageJ2 integration by default, at least temporarily, for performance reasons.</div><div><br></div><div>Next week, LOCI is hosting a hackathon for the ImageJ-OPS project [5]. OPS is an exciting new aspect of ImageJ seeking to standardize and unify image processing algorithms, much as Bio-Formats and SCIFIO have done for image I/O operations. Each op plugin is an ImageJ module, meaning that as the OPS library improves it will continue to expand the image processing capabilities of OMERO, KNIME, CellProfiler, and any other application interoperating with the SciJava module framework.</div><div><br></div><div>In general, the development path for ImageJ-OMERO is: <span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">1. bug-fixes; 2. tables; 3. ROIs. </span>For details, see the project milestones [6]. All of this work is slated to be finished before the end of the year. Stay tuned for more frequent updates in the coming weeks.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Curtis</div><div><br></div><div>[1] <a href="https://github.com/imagej/imagej-omero">https://github.com/imagej/imagej-omero</a></div><div>[2] <a href="https://github.com/scijava/scripting-jython/issues/1">https://github.com/scijava/scripting-jython/issues/1</a>, <a href="https://github.com/fiji/fiji/issues/83">https://github.com/fiji/fiji/issues/83</a></div><div>[3] <a href="https://github.com/imagej/imagej-omero/issues/21">https://github.com/imagej/imagej-omero/issues/21</a></div><div>[4] <a href="https://github.com/imagej/imagej-omero/issues/7">https://github.com/imagej/imagej-omero/issues/7</a></div><div>[5] <a href="http://imagej.net/ImageJ_OPS">http://imagej.net/ImageJ_OPS</a></div><div>[6] <a href="https://github.com/imagej/imagej-omero/milestones">https://github.com/imagej/imagej-omero/milestones</a></div><div><br></div></div>