<html>
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<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
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<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;">
<div>
<div>Hi,</div>
<div><br>
</div>
<div>Thank you for reporting your bug.</div>
<div>A ticket has been filed on this regard,</div>
<div><a href="https://trac.openmicroscopy.org.uk/ome/ticket/12559">https://trac.openmicroscopy.org.uk/ome/ticket/12559</a></div>
<div><br>
</div>
<div>You have been added to the cc list and will get notified on the updates.</div>
<div><br>
</div>
<div>Best,</div>
<div>Balaji</div>
<div>
<div><br>
</div>
<div>
<div style="color: rgb(40, 40, 40);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 255);">__________________</span></div>
<div style="color: rgb(40, 40, 40);">
<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">Mr Balaji Ramalingam</p>
<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">Software Developer<br>
</p>
<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">OME Team</p>
<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">College of Life Sciences</p>
<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">University of Dundee</p>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div><br>
</div>
<span id="OLK_SRC_BODY_SECTION">
<div style="font-family:Calibri; font-size:11pt; text-align:left; color:black; BORDER-BOTTOM: medium none; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0in; PADDING-LEFT: 0in; PADDING-RIGHT: 0in; BORDER-TOP: #b5c4df 1pt solid; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 3pt">
<span style="font-weight:bold">From: </span>Marco Moller &lt;<a href="mailto:mmoller@cicbiomagune.es">mmoller@cicbiomagune.es</a>&gt;<br>
<span style="font-weight:bold">Date: </span>Tuesday, 9 September 2014 17:46<br>
<span style="font-weight:bold">To: </span>Balaji Ramalingam &lt;<a href="mailto:b.ramalingam@dundee.ac.uk">b.ramalingam@dundee.ac.uk</a>&gt;, &quot;<a href="mailto:ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk</a>&quot; &lt;<a href="mailto:ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk</a>&gt;<br>
<span style="font-weight:bold">Subject: </span>RE: [ome-devel] BIOFORMATS bug report from a user: GATAN dm3 not read correctly<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">Hello,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">I uploaded the GATAN dm3 file containing the image with a negative value to a pixel set, and found this to be the reference to the image:&nbsp; QA Bug | 9526 (new).<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">Let me take the chance and add some further, important observations I did today:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;">I found , that going in FiJi the following way, then the data import works correctly for my dm3 with a negative value stored for a pixel:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;">File
</span><span style="font-size:8.5pt;font-family:Wingdings">à</span><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;"> Import
</span><span style="font-size:8.5pt;font-family:Wingdings">à</span><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;"> Bio-Formats<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;">After selecting the file of interest, a dialog window&nbsp; &quot;Bio-Formats Import Options&quot; appears, and having answered the default settings the
 import does work correctly! This Options dialog appears always again if importing a dm3 file.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;">But, if only importing in FiJi data in the following way, then the bug appears the same as it appears using the MATLAB front end for the
 Bio-Formats import function ‘bfopen’:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;">File
</span><span style="font-size:8.5pt;font-family:Wingdings">à</span><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;"> Open…<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;">does not work correctly.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Apparently, the FiJi &quot;File
</span><span style="font-size:8.5pt;font-family:Wingdings">à</span><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;"> Open…&quot; path uses some identical step as the MATLAB /Bio-Formats command 'bfopen' does, while the &quot;File
</span><span style="font-size:8.5pt;font-family:Wingdings">à</span><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;"> Import
</span><span style="font-size:8.5pt;font-family:Wingdings">à</span><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;"> Bio-Formats&quot; path does something different which works flawless.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;">I for sure downloaded and installed and use this MATLAB toolbox for using Bio-Formats in MATLAB and believe to have the older LOCI things
 deleted:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><a href="http://downloads.openmicroscopy.org/bio-formats/5.0.4/artifacts/bfmatlab.zip">http://downloads.openmicroscopy.org/bio-formats/5.0.4/artifacts/bfmatlab.zip</a><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;">I further believe to remember correctly that I downloaded and installed FiJi, and somehow remember that there was something about ImageJ2
 support, which I for sure didn´t reject, whatever it was. If there has been any choice to get FiJi in different versions, then I believe I decided for the FiJi with version ImageJ2 in use. I remember quite well that I decided to not install ImageJ and LOCI
 plugin anymore but to install for convenience the all-inclusive package FiJi, because I read that then the LOCI bioformats would be integrated, and FiJi update mechanism would also update that bioformats part then.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;">I am now confused to have seen somewhere on the screen (not sure if it actually was in FiJI or MATLAB), that some SCIFIO is somewhere in
 use or has been mentioned in a message when opening / importing a dm3 file. I am further confused because I thought to have read somewhere that if the LOCI plugin would be installed that then ImageJ would automatically&nbsp; use it in the standard &quot;File
</span><span style="font-size:8.5pt;font-family:Wingdings">à</span><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;"> Open…&quot; path if needed. I am completely confused if I am actually using now the LOCI plugin in ImageJ, or the OME Bio-Formats
 import filter, or some SciFio thing or whatever, but this should not be the topic here in my bug report.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;">In summary: for sure the MATLAB 'bfopen' command does not produce the correct result, and the FiJi &quot;File
</span><span style="font-size:8.5pt;font-family:Wingdings">à</span><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;"> Open…&quot; menu neither, but the FiJi &quot;File
</span><span style="font-size:8.5pt;font-family:Wingdings">à</span><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;"> Import
</span><span style="font-size:8.5pt;font-family:Wingdings">à</span><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;"> Bio-Formats&quot; menu apparently works correctly.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:8.5pt;font-family:&quot;MS Shell Dlg 2&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">Best greetings from the EM-Labs of CIC biomaGUNE,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES" style="color:#1F497D">Marco Möller<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES-TRAD" style="font-size:8.0pt;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES-TRAD" style="font-size:8.0pt;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES-TRAD" style="font-size:8.0pt;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES-TRAD" style="font-size:8.0pt;color:#1F497D">----------------------------------------------------------------<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES-TRAD" style="font-size:8.0pt;color:#1F497D">Marco Möller<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES" style="font-size:8.0pt;color:#1F497D">Platform Manager - Electron Microscopy<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES" style="font-size:4.0pt;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="ES" style="font-size:8.0pt;color:#1F497D">CIC biomaGUNE<o:p></o:p></span></b></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES-TRAD" style="font-size:8.0pt;color:#1F497D">Parque Tecnológico de San Sebastián<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES-TRAD" style="font-size:8.0pt;color:#1F497D">Paseo Miramón, 182. Ed. Empresarial C<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES" style="font-size:8.0pt;color:#1F497D">20009 San Sebastián (Guipúzcoa)</span><span lang="ES" style="font-size:8.0pt;color:#1F497D"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES-TRAD" style="font-size:8.0pt;color:#1F497D">SPAIN<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES-TRAD" style="font-size:8.0pt;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;color:#1F497D">Tel:&nbsp; &#43;34 943 00 53 25<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><a href="mailto:mmoller@cicbiomagune.es"><span style="font-size:8.0pt">mmoller@cicbiomagune.es</span></a></span><span style="font-size:8.0pt;color:#1F497D"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif;">From:</span></b><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif;"> Balaji Ramalingam [<a href="mailto:b.ramalingam@dundee.ac.uk">mailto:b.ramalingam@dundee.ac.uk</a>]
<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, September 09, 2014 2:54 PM<br>
<b>To:</b> Marco Moller; <a href="mailto:ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<b>Subject:</b> Re: [ome-devel] BIOFORMATS bug report from a user: GATAN dm3 not read correctly<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;color:black">Hi Marco,<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;color:black"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;color:black">Thank you for your detailed summary.<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;color:black">As suggested, it would be great if you could upload the file to the following URL,<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;color:black"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;color:black"><a href="https://www.openmicroscopy.org/qa2/qa/upload">https://www.openmicroscopy.org/qa2/qa/upload</a>/<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;color:black"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;color:black">We will then create a ticket, post investigation and CC you on the same.<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;color:black"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;color:black">Thanks again,<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;color:black"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;color:black">Best,<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;color:black">Balaji<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;color:black"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;color:#282828;background:white">__________________</span><span style="font-size:10.5pt;color:#282828"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p style="margin:0cm;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(40, 40, 40);">Mr Balaji Ramalingam<o:p></o:p></span></p>
<p style="margin:0cm;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(40, 40, 40);">Software Developer<o:p></o:p></span></p>
<p style="margin:0cm;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(40, 40, 40);">OME Team<o:p></o:p></span></p>
<p style="margin:0cm;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(40, 40, 40);">College of Life Sciences<o:p></o:p></span></p>
<p style="margin:0cm;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(40, 40, 40);">University of Dundee<o:p></o:p></span></p>
</div>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;color:black"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span style="color:black">From: </span></b><span style="color:black">Marco Moller &lt;<a href="mailto:mmoller@cicbiomagune.es">mmoller@cicbiomagune.es</a>&gt;<br>
<b>Date: </b>Tuesday, 9 September 2014 08:22<br>
<b>To: </b>&quot;<a href="mailto:ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk</a>&quot; &lt;<a href="mailto:ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk</a>&gt;<br>
<b>Subject: </b>[ome-devel] BIOFORMATS bug report from a user: GATAN dm3 not read correctly<o:p></o:p></span></p>
</div>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;color:black"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
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<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Hello,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">I found a bug in the current BIOFORMATS import filter for GATAN *.dm3 (Electron Microscopy) files:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">If the original GATAN software stored for a pixel in the image a negative value, then the BIOPFRORMATS import filter does not read this out correctly, but changes the negative value to an extreme high positive
 value.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">I am working with MATLAB and have not much experience with ImageJ, but at least could confirm that this does not only happen with the MATLAB front end ‘bfopen’ of the BIOFORMATS import filter, but also happens
 when importing such image containing a negative value to ImageJ by the BIOFORMATS import filter used there.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">I work on WinXP 32-bit or Win7 64-bit, have FiJi, MATLAB and BIOFORMATS software all in the most up to date version (as of 8 September 2014) installed.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">&nbsp;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Please have a look on the following little log on querying the max and min pixel value found in the image by different software:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">&nbsp;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE" style="color:black">Gatan Digital Micrograph V1.85 (32-bit):</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">GATAN_IMAGE: Minimum -93 at (1920,612)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">GATAN_IMAGE: Maximum 1320 at (2035,135)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">&nbsp;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Gatan Microscopy Suite Digital Micrograph V2.02.800.0 (32-bit):<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">GATAN_IMAGE: Minimum -93 at (1920,612)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">GATAN_IMAGE: Maximum 1320 at (2035,135)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">&nbsp;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">MATLAB (64-bit), using BIOFORMATS command ‘bfopen’<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">max = 4294967203 at (613,1921)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">min = 45 at (1722,407)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">after changing manually the (in MATLAB max,&nbsp; in GATAN negative) value to i.e. 1000 using MATLAB command GATAN_IMAGE(613,1921) = 1000, applying ‘bfopen’ in MATLAB shows:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">max: 1320 at (136,2036)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">min: 45 at(1722,407)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (which is correct, this I confirmed to before have been the second smallest value in the file)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">&nbsp;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Checking if this is a ‘bfopen’ behavior or a general BIOFROMATS behavior:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">FiJi (64-bit), using the BIOFORMATS import option:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">min:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">max:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4,29E&#43;09<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">&nbsp;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">I would be willing to share the GATAN image file of interest, but prefered not to attach it to the e-mail to the mailing list. If anyone would have interest in the image, please contact me and I can send it then
 to the interested person(s).<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">&nbsp;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">As I am meanwhile using the really excellent dm3 import filter written for MATLAB by Andreas Korinek (<a href="http://www.mathworks.de/matlabcentral/fileexchange/45933-gatan-digital-micrograph-file-reader">http://www.mathworks.de/matlabcentral/fileexchange/45933-gatan-digital-micrograph-file-reader</a>),
 which I recommend you to have a look at in order to find much information about the dm3 file structure (much more data is extracted from dm3 than by the present BIOFORMATS filter), my e-mail to the developer list does not ask for your explicit answer. Instead
 it is cordially meant to just support the BIOFORMATS project by the given information and bug report.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Best greetings from the EM-Labs of CIC biomaGUNE,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES" style="color:black">Marco Möller</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES-TRAD" style="font-size:8.0pt;color:black">&nbsp;</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES-TRAD" style="font-size:8.0pt;color:black">&nbsp;</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES-TRAD" style="font-size:8.0pt;color:black">&nbsp;</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES-TRAD" style="font-size:8.0pt;color:black">----------------------------------------------------------------</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES-TRAD" style="font-size:8.0pt;color:black">Marco Möller</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES" style="font-size:8.0pt;color:black">Platform Manager - Electron Microscopy</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES" style="font-size:4.0pt;color:black">&nbsp;</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="ES" style="font-size:8.0pt;color:black">CIC biomaGUNE</span></b><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES-TRAD" style="font-size:8.0pt;color:black">Parque Tecnológico de San Sebastián</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES-TRAD" style="font-size:8.0pt;color:black">Paseo Miramón, 182. Ed. Empresarial C</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES" style="font-size:8.0pt;color:black">20009 San Sebastián (Guipúzcoa)</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES-TRAD" style="font-size:8.0pt;color:black">SPAIN</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES-TRAD" style="font-size:8.0pt;color:black">&nbsp;</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;color:black">Tel:&nbsp; &#43;34 943 00 53 25</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"><a href="mailto:mmoller@cicbiomagune.es"><span style="font-size:8.0pt">mmoller@cicbiomagune.es</span></a><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">&nbsp;<o:p></o:p></span></p>
<p align="center" style="text-align:center"><span lang="EN-GB" style="font-size:7.5pt;font-family:Barmeno;color:teal">This e-mail is from CIC
</span><span lang="EN-GB" style="font-size:7.5pt;font-family:Barmeno;color:teal">biomaGUNE</span><span lang="EN-GB" style="font-size:7.5pt;font-family:Barmeno;color:teal">. The e-mail and any files transmitted with it are confidential and intended solely for
 the use of the individual or entity to </span><span lang="EN-GB" style="font-size:7.5pt;font-family:Barmeno;color:teal">whom</span><span lang="EN-GB" style="font-size:7.5pt;font-family:Barmeno;color:teal"> they are addressed. Any unauthorised dissemination
 or copying of this e-mail or its attachments, and any use or disclosure of any information contained in them, is strictly prohibited and may be illegal. If you have received this e-mail in error, please notify&nbsp;or telephone
</span><span style="font-size:7.5pt;font-family:Barmeno;color:blue">&#43; 34&nbsp;943 00 53 00</span><span lang="EN-GB" style="font-size:7.5pt;font-family:Barmeno;color:teal">&nbsp;and delete it from your system.</span><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: black;"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;color:black"><br>
</span><span style="font-size:10.0pt;color:black">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span><span style="font-size:10.5pt;color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<!--[object_id=#cicbiomagune.es#]-->
<p align="center"><font size="2"><font color="#0000ff"><font face="Arial"><span style="FONT-FAMILY: Barmeno; COLOR: teal; FONT-SIZE: 7.5pt; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-bidi-font-family: Tahoma; mso-ansi-language: EN-GB" lang="EN-GB">This
 e-mail is from CIC </span><span style="FONT-FAMILY: Barmeno; COLOR: teal; FONT-SIZE: 7.5pt; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-bidi-font-family: Tahoma; mso-ansi-language: EN-GB; mso-bidi-font-size: 11.0pt" lang="EN-GB">biomaGUNE</span><span style="FONT-FAMILY: Barmeno; COLOR: teal; FONT-SIZE: 7.5pt; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-bidi-font-family: Tahoma; mso-ansi-language: EN-GB" lang="EN-GB">.
 The e-mail and any files transmitted with it are confidential and intended solely for the use of the individual or entity to
</span><span style="FONT-FAMILY: Barmeno; COLOR: teal; FONT-SIZE: 7.5pt; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-bidi-font-family: Tahoma; mso-ansi-language: EN-GB; mso-bidi-font-size: 11.0pt" lang="EN-GB">whom</span><span style="FONT-FAMILY: Barmeno; COLOR: teal; FONT-SIZE: 7.5pt; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-bidi-font-family: Tahoma; mso-ansi-language: EN-GB" lang="EN-GB">
 they are addressed. Any unauthorised dissemination or copying of this e-mail or its attachments, and any use or disclosure of any information contained in them, is strictly prohibited and may be illegal. If you have received this e-mail in error, please notify&nbsp;or
 telephone </span><span style="FONT-FAMILY: Barmeno; COLOR: blue; FONT-SIZE: 7.5pt; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-bidi-font-family: Tahoma">&#43; 34&nbsp;943 00 53 00</span><span style="FONT-FAMILY: Barmeno; COLOR: teal; FONT-SIZE: 7.5pt; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-bidi-font-family: Tahoma; mso-ansi-language: EN-GB" lang="EN-GB">&nbsp;and
 delete it from your system.</span></font></font></font></p>
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</span><br>
<span style="font-size:10pt;">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>
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