<div dir="ltr"><div class="markdown-here-wrapper" id="markdown-here-wrapper-306269" style="font-size:1em;font-family:Helvetica,arial,freesans,clean,sans-serif;color:rgb(34,34,34);background-color:rgb(255,255,255);border:none;line-height:1.2">

<p style="margin:1em 0px">Hi,</p>
<p style="margin:1em 0px">I have issues importing OME Tiff files created by Micro Manager (with oimave stack file option).</p>
<p style="margin:1em 0px">This is the error message I have:</p>
<pre style="font-size:0.85em;font-family:Consolas,Inconsolata,Courier,monospace;font-size:1em;line-height:1.2em;overflow:auto;margin:1em 0px"><code style="font-size:0.85em;font-family:Consolas,Inconsolata,Courier,monospace;margin:0px 0.15em;padding:0px 0.3em;white-space:nowrap;border:1px solid rgb(234,234,234);background-color:rgb(248,248,248);border-top-left-radius:3px;border-top-right-radius:3px;border-bottom-right-radius:3px;border-bottom-left-radius:3px;display:inline;white-space:pre;border-top-left-radius:3px;border-top-right-radius:3px;border-bottom-right-radius:3px;border-bottom-left-radius:3px;border:1px solid rgb(204,204,204);padding:0.5em 0.7em;display:block;padding:0.5em;color:rgb(51,51,51);background-color:rgb(248,248,255);background-repeat:initial initial">(Fiji Is Just) ImageJ 1.48e; Java 1.7.0_25 [64-bit]; Linux 3.11.0-12-generic; 37MB of 1422MB (2%)

java.lang.ArithmeticException: / by zero
at loci.formats.MetadataTools.populatePixelsOnly(MetadataTools.java:277)
at loci.formats.MetadataTools.populateMetadata(MetadataTools.java:235)
at loci.formats.MetadataTools.populatePixels(MetadataTools.java:136)
at loci.formats.in.OMETiffReader.initFile(OMETiffReader.java:817)
at loci.formats.FormatReader.setId(FormatReader.java:1244)
at loci.plugins.in.ImportProcess.initializeFile(ImportProcess.java:482)
at loci.plugins.in.ImportProcess.execute(ImportProcess.java:146)
at loci.plugins.in.Importer.showDialogs(Importer.java:141)
at loci.plugins.in.Importer.run(Importer.java:79)
at loci.plugins.LociImporter.run(LociImporter.java:81)
at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:196)
at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:160)
at ij.Executer.runCommand(Executer.java:131)
at ij.Executer.run(Executer.java:64)
at java.lang.Thread.run(Thread.java:724)</code></pre>
<p style="margin:1em 0px">Last thing, Tiff files contains ome “holes”. In fact during acquisition I am imaging two channels and one of them is imaged every 6 frames. So for this channel there is an image only every 6 frames.</p>


<p style="margin:1em 0px">I have the feeling that the issue is coming from there.</p>
<p style="margin:1em 0px">MM can open the OME Tiff file correctly. I think this is because they have their own OME Tiff writer/reader.</p>
<p style="margin:1em 0px">Any idea on how to fix this and when ?</p>
<p style="margin:1em 0px">—<br>HadiM </p>
</div></div>