
<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Mathias,<div><br></div><div>Most of these are just special names for things that exist in the omero model already (see <span class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 32, 226); font-family: 'Lucida Grande'; font-size: 11px; "><a href="http://www.improvision.com/pdfs/technotes/TN422.pdf">http://www.improvision.com/pdfs/technotes/TN422.pdf</a><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; ">) for details.</span></span></div><div><br></div><div>If I'm reading the improvision technotes correctly<span class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 32, 226); font-family: 'Lucida Grande'; font-size: 11px; "><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; ">, the microncalibrations you're referring to are our pixelSizes in the OME model. These values will be automatically imported into the omero model if they are included in the file format and you can view them in insight under the image info.</span></span></div><div><br></div><div>The ChannelName is mapped to our logicalchannel.name field I believe. This would be similar to a channel annotation. Although I do set the logicalchannel.name in the database if its present, our design encourages users to put annotations on the channels, so don't think we've ever displayed the channelname in insight.</div><div><br></div><div>Values like 'BlackPoint' and 'WhiteColor' are cutoff values used by Volocity's rendering settings. We don't use those in omero.</div><div><br></div><div>Hope that helps,</div><div><br></div><div><div> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><div>Brian Loranger</div><div>Software Developer, Open Microscopy Environment</div><div>Division of Gene Regulation and Expression</div><div>University of Dundee</div><div><br class="khtml-block-placeholder"></div><br class="Apple-interchange-newline"></span> </div><br><div><div>On 9 Jul 2008, at 10:21, Matthias Dunda wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Hi everybody!!!</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">I just have a quick question regarding our Improvision Volocity TIFF export.</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">We have this meta information to fill in the special TIFF tag:</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">BlackPoint</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">ChannelName</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">ChannelNo</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">ImageName</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">TimepointName</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">TimepointNo</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">TimeStamp</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">TimeStampMicroseconds</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">TotalChannels</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">TotalTimepoints</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">TotalZPlanes</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">WhiteColour</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">WhitePoint</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">XCalibrationMicrons</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">YCalibrationMicrons</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">ZCalibrationMicrons</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">ZPlane</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">As far as we see from the importer, it does not make use of</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">TimepointName</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">TimepointNo</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">TimeStamp</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">TimeStampMicroseconds</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">TotalTimepoints</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">XCalibrationMicrons</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">YCalibrationMicrons</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">ZCalibrationMicrons</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">I don't know if this information is outdated, but keep in mind we are talking about Beta-2.3 so far. Can this kind of information be entered by the user after the import - mainly the calibration microns?</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Another question: What exactly is the channel NAME and where is it stored?</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Cheers</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Matthias</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">--</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Matthias Dunda, Dipl.-Inform.</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">c.a.r.u.s. IT AG</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Phone: (040) 5 14 35-0, intl.: +49.40.5 14 35-0</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">_______________________________________________</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">ome-devel mailing list</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><a href="mailto:ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk</a></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-devel">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-devel</a></div> </blockquote></div><br></div></body></html>