
<HTML><BODY style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; "><DIV><BLOCKQUOTE type="cite"></BLOCKQUOTE>Hi Guanghui,</DIV><DIV><BLOCKQUOTE type="cite"><P><FONT size="2">Xlib: No protocol specified<BR> <BR> Xlib: connection to ":0.0" refused by server<BR> Xlib: No protocol specified<BR> <BR> [SUCCESS]<BR> <BR> I dont really know what it means but I'm hoping the "[SUCCESS]" should indicate everything is still installed properly.<BR></FONT></P></BLOCKQUOTE>I think so.<BR><BLOCKQUOTE type="cite"><P><FONT size="2"> So if the installation was successful, I guess the next thing is to test Matlab proper. From OME's website, there's this HistogramEqualizationChain.xml as well as the module that can be used for testing, however, i think i'm stuck again.<BR> <BR> Questions start to appear over my head, should i first import analysis chain or module or both?</FONT></P></BLOCKQUOTE><BLOCKQUOTE type="cite"><P><FONT size="2"> Also, from the instructions, am i right to say that in the Matlab R12 and above there's a function/command called "histeq"? And in order to use this function i need to first import into OME and then execute this function on the datasets in OME?</FONT></P></BLOCKQUOTE>Based on your questions I've written a walk-through:</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV><A href="http://www.openmicroscopy.org.uk">http://www.openmicroscopy.org.uk</A>/howto/quantitative-image-analysis-MATLAB.html</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>please let me know how I can improve it (i.e. after reading it do you still have any questions left over ?)</DIV><DIV><BLOCKQUOTE type="cite"><P><FONT size="2"> Based on my assumption that the flow is what described above, would there be any difference when it comes to user-defined functions? Is it for every function to be used, a analysis chain and module is to be created? If so, is there a standard way to create them?<BR></FONT></P></BLOCKQUOTE>For every function created in MATLAB you need to create a new analysis module. You can combine multiple analysis modules into a single analysis chain if the output of one analysis module needs to be fed into another. You have to create the XML for analysis modules in a regular text editor such as Emacs.<BR></DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Tom</DIV></BODY></HTML>