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OME Username: OME SessionKey: cb_1.r3d FINISHED Id Type OME::ModuleExecution OME::ModuleExecution.image.name exp 06-07.04.05 day8.n2.(1).03.b day8.n2.(1).01.a day8.n2.(1).10.b day8.f1.(1).08.head day8.f1.(1).07.a day8.n2.(1).02.a day8.f1.(1).02.c day8.f1.(1).33.head day8.f1.(1).25.c day8.f1.(1).17.d day8.f1.(1).26.head day8.f1.(1).13.head day8.f1.(1).20.d day8.f1.(1).20.head day8.f1.(1).17.b day8.f1.(1).10.head day8.f1.(1).18.a day8.n2.(1).09.a day8.f1.(1).14.c day8.f1.(1).31.a day8.f1.(1).10.d day8.f1.(1).14.d day8.f1.(1).28.head Fluor EmissionWavelength2 Select the formula, and click "Fill-down formulas", to generate summary formulas for each image: Construct a summary formula for an image using one or moreB worksheet references to one of the result worksheets for FindSpots
Annotation OME::ModuleExecution.module.name id Module Name Created Description Group Name Owner EmissionWavelength,Fluor7 Get a merged "Find spots" outputs table without signals MEXes: #Threshold.module_execution_id' #Extent,@Threshold,@Location,@Timepoint$ OME::ModuleExecution___includeFields* Get Channel information for Image "P1W1S1"T Get Module executions for "Stack statistics (image server)" in chain execution ID 13P Get Analysis chain executions for dataset "Day 8" and chain "Image server stats" #LogicalChannel.image.name #LogicalChannel___fields #LogicalChannel Types #Timepoint.module_execution_id #Location.module_execution_id #Extent.module_execution_id Find and track spots Chain Day 8 Image server stats
Find spots Test Images@ OME::ModuleExecution.node_executions.analysis_chain_execution_id Module Stack statistics (image server)+ OME::AnalysisChainExecution___includeFields OME::AnalysisChainExecution( OME::AnalysisChainExecution.dataset.name/ OME::AnalysisChainExecution.analysis_chain.name Dataset P1W1S1 OME::Image___includeFields$ Find Images in Dataset "Test Images"
OME::Image% OME::Image.dataset_links.dataset.name CHEXes: " Edit Dataset and Chain name, then:F Place the formula at the top on an empty column in the MEX table below Then Either:џ b № c( D n ЖПџ" > Р мЫd Пџ 4 ] 2ПџК ж, H Я ы Я ы Пџ Д
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Њ І Є 'Ќ џџџџ$h џџџџ-р џџџџ. Ў WType=@Signal&@Signal___fields=CentroidX,CentroidY,CentroidZ,GeometricMean,Integral,Mean Ў &@Signal.module_execution_id= v Ў &@Signal.TheC= І Ў &_OrderBy=feature 'p џџџџ- џџџџ-( џџџџ- p Ў AД џџџџ- џџџџ.р џџџџ.P p Є Є Є Є ` % % An џџџџ,8 Ў Emission Є Є ` % ( ( p Є Є Ј Є ` % % An p Є Є Ј Ќ ` % % An џџџџ,8 Є Є % ! Є % AH џџџџ, Є Є 'Ј џџџџ, ї І і Є Є Є џџџџ, и 6 MsgBox ("Image ID=" & TheImageID & ", MEX=" & TheMEX) џџџџ, и Get Image ID for this MEXџџџџ,И Zъ
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Ў .&Types=@Timepoint,@Threshold,@Location,@Extent Ў &Format=txt Ў &@Timepoint.module_execution_id= v Ў &@Threshold.module_execution_id= v Ў &@Location.module_execution_id= v Ў &@Extent.module_execution_id= v Ў =&@Extent___fields=feature,module_execution,Volume,SurfaceArea Ў &_OrderBy=feature 'p p Є Є Ј Є ` % % An и Find the first empty column ї Њ і Є Єш Є Ј Њ ` % $ rџџ' hџџ' ї Њ і Р и Get the signals ї І і Є Є Є Ў WType=@Signal&@Signal___fields=CentroidX,CentroidY,CentroidZ,GeometricMean,Integral,Mean Ў &@Signal.module_execution_id= v Ў &@Signal.TheC= І Ў &_OrderBy=feature 'p Њ І Є 'Ќ p Є Є Ј Ќ ` % % An ї І і Р Zъ
Pџџџџ& џџџџ8( џџџџ9ј џџџџ90 џџџџ:Р Ў Type=OME::ModuleExecution Ў L&OME::ModuleExecution.node_executions.analysis_chain_execution.dataset.name= Є ` % ! Ў S&OME::ModuleExecution.node_executions.analysis_chain_execution.analysis_chain.name= Є ` % ! Ў "&OME::ModuleExecution.module.name=
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Є ` % ! 'p и 2 Get the CHEXes for this Dataset, Chain and Moduleџџџџ6ј џџџџ< ш Zъ Zъ И Zъ а Zъ ш Zъ Zъ 0 х Ў OMEquery $ .і Ў OType=OME::AnalysisChainExecution&OME::AnalysisChainExecution___includeFields=id Ў *&OME::AnalysisChainExecution.dataset.name= Є ` % ! Ў 1&OME::AnalysisChainExecution.analysis_chain.name= Є ` % ! 'p p Є Є Є ` % % An и 0 Get the CHEX for this Dataset, Chain and Module Zъ @ r@X @ h@X 8 ї ќ і Рn.modu Zъ и ќ Є ` % $ 'p Є Є B % ! 'PnoHea lџџ9H џџџџ9Ш и Find the Row labeled "MEXes:" CH r?X ќ Є 'ќ ќ Є ` % (CHEX: џџџџ?Ш џџџџ@Ш rџџA hџџ@ј rџџ@а hџџ@Ш rA` hџџ@ џџџџ@x h]8 0 ї і Р ! ї ќ і Є Є Є
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Є ` % ! 'p џџџџAА џџџџA Ў bType=OME::AnalysisChainExecution&OME::AnalysisChainExecution___fields=experimenter_id,timestamp,id Ў *&OME::AnalysisChainExecution.dataset.name= Є ` % ! Ў 1&OME::AnalysisChainExecution.analysis_chain.name= Є ` % ! 'p џџџџB ` lџџAр @B: џџџџAШ lџџB џџџџB Zъ Zъ И и Store the active sheet х ` .& Zъ 8 ї і Рreach ї і B ! Ў MEX Є Є ` % (et At & B CP џџџџAX Zъџџџџ Є Є % ! 'v v Є Є ( % ( v Є Є ` % ( Ў ID Є Є ( % ( Ў ID ј Є ` % ( Ў Channels: Є Є ( % ( Ў Name њ Є ` % ( Ў Channels: Є Є Є ` % ( џџџџAШ џџџџ и Set the Worksheet Name џџџџCи џџџџD !\@B^ џџџџD p Є Є Є І Є Є ` % % AД Ў Fluor Є Є ` % (џџџџD0 lџџDа и Store the active sheet х ` .& Є : Є & % ! Ў MEXes: о Є !\@B^ Ў MEX Є Є ` % ( v Є Є ` % ( At & B ї : і Р Zъ ї : і ќ Є Є rџџCР hџџCИ Zъ h Є 'ќ и 0 Find the Row where the first column is "MEXes:" џџџџCX : Є ': Zъ P Є '8 Zъ И ї : і ќ Є Є ї : і Р : 8 & % ! 'v & B Ca Zъ аџџџџEX џџџџG@ Ў MEX Є Є ` % (ks v Є Є ` % ( Ac At Ў TheMEX= v @Aќ s=" & џџџџFј : 8 ` % $ rџџH@ hџџH8 !\@B^ vџџџџGш џџџџHј uџџHА hџџHЈ џџџџH Ў ,Could not find a Row beginning with 'MEXes:' @Aќ џџџџHа џџџџ а џџџџHh л ifrkshee Ў FindSpots v Ў _ њ Є ` % ! Є $ о ` ( џџџџHx lKH lџџHЈ Zъџџџџ Є 'ќ uIи hIи Є Є B % !` @Aќ џџџџH` и Find the Image ID. Zъџџџџ Zъџџџџ@Ar Zъџџџџ ї n і p !\ es:" ї : і ќ Є Є : Є ` % $ Ў ,Could not find a Row beginning with 'MEXes:' @Aќ Є : Є & % ! Ў MEXes: о Є
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OMEloginQuery паЖ яњй ?њ+нsО паЖяњй ?њ+нsО
Workbook_Open
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&Type=@Signal &@Signal.module_execution_id= MEX Signals &Format=txt ConnectionString
ConnectionString
ConnectString &@Signal.TheC= Channel OMEquery GetMEX &Type=OME::ModuleExecution !&OME::ModuleExecution.image.name= ImageName "&OME::ModuleExecution.module.name=
ModuleName &Limit=1 "&OrderBy=OME::ModuleExecution.date A1
&__limit=1 (&OME::ModuleExecution___includeFields=id GetOMEquery OMEquery
OMEqueryResponse OMEqueryParameters џџџџџџџџS @ OMEqueryURL ${І№й ?ћЗЮоёО џџџџџџџџ. D ш Type
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MEX for ImageID GetLast GetLastMEX2 T
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Gђфй ?њ;nоёО OME::ModuleExecution___fields 5 И 4)
GetLastMEXSub CallGetLastMex2 е Р F GetLastMEX2 GetQuery TestGetLastMex
Annotation Type=OME::ModuleExecution &OME::ModuleExecution.image_id= %&OME::ModuleExecution.status=FINISHED &OME::ModuleExecution_orderBy=id &OME::ModuleExecution___limit=1 !&OME::ModuleExecution___fields=id GetOMEqueryP D) Р F &@Timepoint.module_execution_id= 1 Ј _) &OME::ModuleExecution_OrderBy=id &_OrderBy=id GetFindSpotsOutputs TestGetFS .&Types=@Timepoint,@Threshold,@Location,@Extent Й Р F GetOMEqueryR &@Threshold.module_execution_id= &@Location.module_execution_id= &@Extent.module_execution_id= &@Extent___fields=volume #&@Extent___fields=volume,feature_id &@Extent___fields=volume,feature Item relative column = 1&@Extent___fields=volume,feature,module_execution 1&@Extent___fields=module_execution,volume,feature =&@Extent___fields=feature,module_execution,Volume,SurfaceArea &_OrderBy=TheT
&_OrderBy=Feature
&_OrderBy=feature GetLastMexesForSelection
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